在交通事故被认定为工伤的情况下，公司应当支付员工在停工留薪期内的全额工资。以下是对此问题的详细分析：
一、工伤认定与工资支付
工伤认定条件：
- 员工在交通事故中受伤，若同时满足工伤认定条件（如发生在上下班途中且非本人主要责任，或在工作时间和工作场所内因工作原因受伤），则可被认定为工伤。
- 工伤认定需由当地劳动部门或相关机构进行，并依据相关法律法规作出决定。
停工留薪期工资支付：
- 法律依据：根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 支付标准：停工留薪期工资通常按照员工受伤前12个月的平均工资来计算。如果员工工作不满12个月，则按实际工作月数的平均工资计算。
- 支付时长：停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或情况特殊者，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可适当延长，但延长不得超过12个月。
二、交通事故责任与工伤认定的关系
- 如果交通事故的主要责任在员工自己，可能无法认定为工伤，此时公司无需支付工伤期间的工资。
- 若责任在对方，或双方都有责任但员工是受害者，并且符合其他工伤认定条件，则公司应按规定支付停工留薪期工资及提供其他工伤保险待遇。
三、误工费赔偿与停工留薪期工资的协调
- 如果员工在交通事故中获得了误工费赔偿，且该赔偿低于其停工留薪期工资标准，公司需补足差额部分。
- 若误工费赔偿高于停工留薪期工资，公司一般无需重复支付额外工资。但需注意，误工费与停工留薪期工资是两种不同的赔偿，其计算方式和目的有所不同，不能简单地进行比较和抵消。
四、实际操作建议
- 及时申请工伤认定：员工在发生交通事故后，应及时向公司报告并申请工伤认定，以便享受相应的工伤保险待遇。
- 保留相关证据：员工应保留与交通事故和工伤认定相关的所有证据，如交通事故责任认定书、医疗证明、工资单等，以备不时之需。
- 与公司协商：在工伤认定和工资支付问题上，员工应与公司进行积极协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 寻求法律援助：如果员工与公司无法就工资支付问题达成一致，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自身合法权益。
总结来说，在交通事故被认定为工伤的情况下，公司有义务支付员工在停工留薪期内的全额工资。员工应了解自己的权益和义务，及时申请工伤认定并保留相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。