当劳动合同变更期限后，处理方式需要遵循一定的法律原则和程序，以确保双方权益得到妥善保护。以下是对这一问题的详细解答：
一、变更原则
劳动合同变更期限需遵循平等自愿、协商一致的原则，且不得违反法律法规。这意味着，无论是用人单位还是劳动者，都不能单方面擅自变更合同期限，必须双方达成一致意见。
二、变更程序
提出变更需求：
- 用人单位或劳动者均可基于合理理由（如岗位调整、薪资变动、企业战略调整等）提出变更合同期限的请求。
协商一致：
- 双方就变更后的合同期限进行协商，包括新的起始和终止日期，以及新期限内双方的权利义务（如工作内容、劳动报酬、工作时间等）。
- 协商过程中，应确保不侵犯劳动者的合法权益，如不得降低工资、调整工作岗位至不合理范围等。
签订书面协议：
- 变更内容必须以书面形式确认，作为原劳动合同的补充条款。口头约定无效，因为书面协议是法律认可的有效证据。
- 双方应各执一份变更协议，以备后续查阅和证明。
履行新合同：
- 协议生效后，双方按新条款执行，原合同条款中与变更内容冲突的部分失效。
存档备案：
- 变更协议应妥善保存，用人单位需依法向劳动行政部门备案（部分地区有此要求），以便在需要时提供证明。
三、特殊情形处理
劳动者不同意变更：
- 若劳动者不同意变更合同期限，用人单位不能强迫，否则可能构成违法解除劳动合同。
- 劳动者有权要求继续履行原合同或获得相应经济赔偿。
争议解决：
- 因变更合同期限引发争议，双方可先协商解决。
- 协商不成时，劳动者可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁维护自身权益。
四、注意事项
- 避免频繁变更：法律未明确限制变更次数，但频繁变更可能影响劳动关系稳定性，需谨慎操作。
- 书面确认的重要性：未达成书面协议的变更可能被视为无效，导致用工风险。因此，务必确保变更内容以书面形式确认。
- 留存证据：无论是用人单位还是劳动者，都应主动留存书面证据，如变更协议、协商记录等，以备后续需要。
五、建议
- 用人单位：应建立规范的变更审批流程，确保变更行为合法合规。在提出变更请求前，应充分评估变更的必要性和合理性，以及可能对劳动者产生的影响。
- 劳动者：在面对劳动合同变更时，要了解自身权益，合理维护自身利益。如不同意变更，应明确表达意见，并保留相关证据以备维权之需。
综上所述，劳动合同变更期限后，双方应遵循平等自愿、协商一致的原则，通过书面形式确认变更内容，并妥善保存相关证据。在处理过程中，应确保不侵犯劳动者的合法权益，以维护劳动关系的和谐稳定。