和单位签协议将加班费抵扣伙食费是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
法律角度
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费是劳动者在超出正常工作时间后，因提供额外劳动而应获得的报酬，属于劳动者的合法收入。而伙食费则是劳动者为了满足日常生活需求而产生的费用，两者性质截然不同。法律并未规定加班费可以抵扣伙食费，因此，单位与劳动者签订协议将加班费抵扣伙食费，违反了法律规定，该协议条款无效。
合同角度
从合同法的角度来看，合同的内容应当合法、公平、自愿。如果单位与劳动者签订的协议中包含了将加班费抵扣伙食费的条款，且该条款违反了法律强制性规定，那么该条款不仅无效，还可能影响整个合同的效力。劳动者有权拒绝履行该无效条款，并可以要求单位按照法律规定支付加班费。
实际操作角度
在实际操作中，如果单位坚持将加班费抵扣伙食费，劳动者可以采取以下措施：
与单位协商：首先，劳动者可以尝试与单位进行协商，明确表达自己的诉求和法律依据，要求单位按照法律规定支付加班费。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门未能解决问题，或者劳动者对劳动监察部门的处理结果不满意，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
建议：作为劳动者，在签订劳动合同时，一定要仔细阅读合同条款，特别是关于工资、加班费等关键条款。如果发现合同中有违法或不合理的内容，要及时提出异议并拒绝签订。如果已经签订了含有违法条款的合同，也不要慌张，可以依法维护自己的权益。
后续行动建议：如果您现在正面临单位将加班费抵扣伙食费的情况，建议您先与单位进行友好协商，明确表达自己的诉求和法律依据。如果协商无果，您可以及时向当地的劳动监察部门投诉，或者咨询我进一步了解如何申请劳动仲裁或提起诉讼。