结论：公司是否愿意配合你走工伤流程，即便你放弃公司那部分赔偿，这并非一个可以简单预测的问题，它取决于多种因素，包括公司的态度、管理层的决策以及公司对工伤事故的重视程度等。
一、公司可能愿意配合的情况
公司重视员工权益：如果公司一贯重视员工权益，对工伤事故持积极处理态度，那么即便你放弃公司那部分赔偿，公司也可能愿意配合你走工伤流程。这是因为公司可能更看重维护良好的员工关系和企业形象，而不是仅仅关注经济利益。
避免法律纠纷：公司可能意识到，如果不配合你走工伤流程，你可能会通过法律途径来维护自己的权益，这可能会给公司带来不必要的法律纠纷和负面影响。因此，为了避免这种情况，公司可能愿意配合你走工伤流程。
二、公司可能不愿意配合的情况
经济利益考量：如果公司认为配合你走工伤流程会带来额外的经济负担，比如支付工伤赔偿、承担工伤期间的工资等，而你又放弃了公司那部分赔偿，公司可能会认为没有动力去配合你。在这种情况下，公司可能会选择不配合，以节省成本。
对工伤事故的忽视：如果公司对工伤事故持忽视态度，或者认为工伤事故是个别员工的个人问题，与公司无关，那么公司可能不愿意配合你走工伤流程。这种情况下，公司可能会认为配合你走工伤流程是多余的，甚至可能会对你产生不满。
三、法律建议与行动指南
与公司沟通：首先，你可以尝试与公司进行沟通，表达你的诉求和期望。在沟通过程中，你可以强调工伤事故对你造成的伤害和影响，以及你希望公司能够配合你走工伤流程的愿望。同时，你也可以听取公司的意见和看法，了解公司的态度和立场。
寻求法律援助：如果公司不愿意配合你走工伤流程，你可以考虑寻求法律援助。你可以咨询专业的劳动工伤律师，了解你的权益和可能的法律途径。律师可以帮助你评估案件的可行性，提供法律建议和指导，甚至代表你与公司进行协商或提起诉讼。
保留证据：在整个过程中，你一定要保留好与工伤事故相关的证据，如医疗记录、工伤认定书、与公司的沟通记录等。这些证据将有助于你维护自己的权益，并在需要时提供法律支持。
最后，我想强调的是，无论公司是否愿意配合你走工伤流程，你都有权利维护自己的合法权益。如果你遇到了困难或问题，可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律帮助和支持。