针对您提出的“不是本公司有员工申请工伤认定怎么办”的问题，这实际上涉及到了工伤认定的管辖权和申请流程两个关键点。以下是我为您提供的详细解答：
一、工伤认定的管辖权
一般原则：
- 根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤认定通常由用人单位所在地的社会保险行政部门负责。但这里的“用人单位所在地”在异地用工或实际经营地与注册地不一致的情况下，需要特别理解。
异地用工的特殊情况：
- 当用人单位的注册地与实际经营地（或生产经营地）不一致时，特别是对于那些异地营业、异地用工、异地建设的企业，工伤认定的管辖权可能产生争议。
- 根据人力资源社会保障部《关于执行<工伤保险条例>若干问题的意见》(二)第七条第三款，未参加工伤保险的职工，应当在生产经营地进行工伤认定。这里的“生产经营地”应理解为职工实际从事工作的地点，包括但不限于办公场所、业务活动地点等。
案例参考：
- 以某航运公司诉宜昌市人力资源和社会保障局及第三人吴某工伤保险资格认定一案为例，法院最终认定吴某在船舶停靠的港口（即实际提供劳动的场所）发生工伤事故，宜昌市作为其受伤及船舶停靠的地点可以理解为“生产经营地”，因此宜昌市人社局受理工伤认定申请并无不当。
二、工伤认定的申请流程
申请主体：
- 通常情况下，工伤认定申请应由用人单位提出。但根据《关于实施<工伤保险条例>若干问题的意见》第五条规定，如果用人单位未按规定为职工提出工伤认定申请，受到事故伤害或者患职业病的职工或者其直系亲属、工会组织也可以提出工伤认定申请。
申请程序：
- 职工或其直系亲属、工会组织提出工伤认定申请时，并不需要经过职工所在单位的同意（签字、盖章）。这是为了保障职工在遭受工伤时能够及时获得认定和救治。
所需材料：
- 提出工伤认定申请时，通常需要提供工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料、医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）等。
三、针对您问题的具体建议
- 确认管辖权：首先，您需要确认工伤事故发生的地点是否属于公司的生产经营地。如果是，那么该地的社会保险行政部门就有权进行工伤认定。
- 准备申请材料：如果确认有权进行工伤认定，那么您需要准备相关的申请材料，包括工伤认定申请表、劳动关系证明、医疗诊断证明等。
- 提交申请：将准备好的申请材料提交给有权进行工伤认定的社会保险行政部门，并按照其要求完成后续的认定流程。
综上所述，即使不是由本公司直接提出工伤认定申请，只要符合相关法律法规的规定，职工或其直系亲属、工会组织仍然可以提出申请，并由有权的社会保险行政部门进行认定。希望这些解答能够帮助您更好地理解和处理相关问题。