货车司机在运输过程中发生事故且负主要责任，一般情况下仍可认定为工伤。以下是对此问题的详细分析：

一、工伤认定的基本条件

根据《工伤保险条例》第十四条，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。货车司机的本职工作就是驾驶车辆运输货物，在履行工作职责期间发生交通事故，即便其负事故主要责任，只要符合工伤认定的基本条件，通常不影响工伤认定。

二、特殊情况下的工伤认定

虽然一般情况下货车司机负主要责任的事故可以认定为工伤，但也存在一些特殊情况可能导致不能认定为工伤。比如，若司机是在故意犯罪、醉酒或者吸毒、自残或者自杀等情形下发生事故，即便处于工作过程中，也不得认定为工伤或者视同工伤。

三、工伤认定的程序

1. 申请：要认定工伤，需由用人单位、工伤职工或者其近亲属及时向社会保险行政部门提出工伤认定申请，并提交相关材料。
2. 审核：社会保险行政部门收到工伤认定申请后，会在一定期限内对提交的材料进行审核。
3. 调查核实：必要时，社会保险行政部门会对申请人提供的证据进行调查核实，用人单位、工会组织、医疗机构以及有关部门负责安排相关人员配合工作，据实提供情况和证明材料。
4. 作出认定决定：社会保险行政部门一般会在受理工伤认定申请之日起一定期限内作出工伤认定的决定，并出具《认定工伤决定书》或者《不予认定工伤决定书》。

四、建议与注意事项

1. 及时申请：一旦发生事故，建议尽快向社会保险行政部门提出工伤认定申请，以免错过申请时限。
2. 保留证据：在事故发生后，应尽可能保留与事故相关的证据，如事故现场照片、医疗记录、交警部门的事故认定书等，这些证据在工伤认定过程中将起到重要作用。
3. 咨询专业律师：如果在工伤认定过程中遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。

总结来看，货车司机在运输过程中发生事故且负主要责任，一般情况下仍可认定为工伤，但需注意是否存在特殊情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。