针对员工不按时上班的问题，处理方式需要遵循合法、合理和善意的原则，以确保既维护公司的正常运营秩序，又保障员工的合法权益。以下是一些建议的处理步骤和注意事项：
一、明确规章制度
首先，公司应制定明确的考勤管理制度，并在员工入职时进行充分告知和培训。规章制度中应明确迟到、早退、旷工等行为的定义、处罚标准以及申诉流程。这样，当员工出现不按时上班的情况时，公司可以依据规章制度进行公正、透明的处理。
二、合理处罚
迟到早退：对于迟到或早退的情况，公司可以按照规章制度扣除相应未提供劳动时间对应的工资部分，但应避免过度处罚。例如，可以规定每月累计迟到和早退时间在一定范围内（如小于30分钟），扣当月工资的一定比例（如1%），而不是采用过高的罚款比例。
旷工：对于旷工行为，公司应更加谨慎处理。旷工一天可以扣当月工资的较高比例（如8%），但应确保这一比例是合理且符合法律规定的。同时，公司应要求员工提供旷工的合理理由，并在无法证明旷工事实时，避免随意解雇员工。
三、合法解雇
如果员工长期不按时上班，且经过多次警告和处罚后仍无改善，公司可以考虑解雇该员工。但在解雇前，公司必须确保有充足的证据证明员工的旷工行为，并遵循法律规定的解雇程序。例如，公司应提前通知员工解雇的决定，并支付相应的经济补偿。
四、注意事项
避免非法克扣工资：公司不得以惩罚为目的，非法克扣员工的工资。例如，不得因员工迟到或旷工而扣除超过其实际缺勤时间对应的工资部分。
尊重员工权益：在处理员工不按时上班的问题时，公司应尊重员工的合法权益，如请假权、休息权等。不得因员工请假进行产前检查或参加社会活动等而扣除工资。
建立申诉机制：公司应建立申诉机制，允许员工对处罚决定提出异议。如果员工认为处罚不公或存在错误，公司应进行复核并作出相应调整。
五、案例参考
以某医疗公司为例，该公司因过度处罚迟到员工而被法院判决支付工资差额。这一案例表明，公司在处理员工不按时上班的问题时，必须遵循合法、合理和善意的原则，避免过度处罚和非法克扣工资。
综上所述，处理员工不按时上班的问题需要公司制定明确的规章制度、合理处罚、合法解雇，并尊重员工的合法权益。同时，公司应建立申诉机制，确保处理过程的公正性和透明性。