针对您提出的“员工未按时上班怎么处罚”的问题，这确实是一个涉及劳动法规的重要议题。首先，需要明确的是，用人单位并非行政机关，不享有直接的行政处罚权，因此在处理员工未按时上班的情况时，需遵循合法、合理且善意的原则。

一、合法扣减工资的情况

1. 依据考勤制度扣减：

   • 用人单位可以通过规章制度规定，对迟到的劳动者扣除相应未提供劳动时间对应的工资部分。例如，如果员工迟到了半小时，那么可以扣减这半小时的工资。
   • 扣减工资时，需确保剩余工资不低于当地最低工资标准，以保障劳动者的基本生活需求。

2. 因劳动者原因造成经济损失：

   • 如果员工因个人原因（如迟到导致的工作延误）给用人单位造成了经济损失，用人单位可以从其工资中扣除相应赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
   • 若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。

二、非法扣减工资的情况

1. 一次性高额罚款：

   • 用人单位不得以一次性高额罚款的方式惩罚员工迟到，这属于变相克扣工资，是违法的。
   • 罚款制度必须经过民主程序制定、公示，并且合理，否则不能作为处罚依据。

2. 超出合理范围的扣减：

   • 任何超出员工正常日薪的罚款都是不合法的。例如，不能因为员工迟到一次就扣除其一天的工资或更多。

3. 其他非法情形：

   • 如请假扣3倍工资、工作绩效未达标扣工资、孕期产检扣工资、以捐赠为由扣工资、员工辞职扣工资等，这些都属于非法克扣工资的行为。

三、建议与措施

1. 完善考勤制度：

   • 用人单位应制定合法、合理且善意的考勤制度，明确迟到的处理方式和扣减工资的标准。
   • 考勤制度应经过民主程序制定，并向员工公示，确保员工知晓并同意。

2. 加强沟通与教育：

   • 对于经常迟到的员工，用人单位应加强沟通，了解其迟到的原因，并给予必要的指导和帮助。
   • 通过培训、教育等方式提高员工的纪律意识和时间观念。

3. 依法处理违纪行为：

   • 对于严重违反考勤制度的员工，用人单位可以依法给予警告、记过等纪律处分，甚至解除劳动合同。
   • 在处理违纪行为时，应确保程序合法、证据充分，避免引发劳动争议。

四、案例参考

以上海二中院公布的劳动纠纷典型案例为例，某医疗公司因员工迟到而扣除其20余万元工资，最终被法院判决支付工资差额。这一案例表明，用人单位在处理员工迟到问题时，必须遵循合法、合理且善意的原则，不能随意扩大劳动者的违纪结果或加重其违纪责任。

综上所述，对于员工未按时上班的情况，用人单位应依法扣减相应未提供劳动时间对应的工资部分，并确保剩余工资不低于当地最低工资标准。同时，应避免非法扣减工资的行为，加强沟通与教育，依法处理违纪行为，以构建良好和谐的用工关系。