中介克扣派遣工加班双倍工资是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律角度
根据《劳动法》的相关规定，劳动者在正常工作时间以外加班的，用人单位应当支付加班费。具体来说，对于工作日加班，用人单位应支付不低于工资百分之一百五十的工资报酬；对于休息日加班且不能安排补休的，应支付不低于工资百分之二百的工资报酬。这些规定同样适用于劳务派遣工。因此，中介作为劳务派遣单位，无权克扣派遣工的加班双倍工资。如果中介克扣了加班费，就违反了《劳动法》的规定，劳动者有权向当地的劳动监察部门进行投诉举报，要求中介支付被克扣的工资。
二、合同角度
在劳务派遣关系中，派遣工与中介（劳务派遣单位）之间会签订劳动合同。这份合同是双方权利义务的依据，其中应当明确包括工资、加班费等劳动报酬的支付标准和方式。如果合同中明确规定了加班费的支付，而中介却克扣了加班费，那么中介就违反了合同约定，应当承担违约责任。
三、实际操作与维权角度
保留证据：如果派遣工发现中介克扣了加班费，首先应当保留好相关证据，如加班记录、工资条、劳动合同等。这些证据将有助于后续维权。
与中介协商：在保留好证据后，派遣工可以尝试与中介进行协商，要求其支付被克扣的加班费。如果协商成功，那么问题就得到了解决。
投诉举报：如果协商无果，派遣工可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报。劳动监察部门将会对中介进行调查，并要求其支付被克扣的工资。
法律途径：如果投诉举报后问题仍未得到解决，派遣工还可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
四、特殊情况说明
虽然一般情况下中介克扣派遣工加班双倍工资是不合法的，但也存在一些特殊情况。例如，如果派遣工与中介在签订劳动合同时，明确约定了某些情况下中介可以扣除部分工资（但这种情况必须合法且合理，且不能违反《劳动法》的强制性规定），并且派遣工在签订合同时已经知情并同意，那么在这种情况下中介扣除部分工资可能是合法的。但这种情况非常罕见，且必须严格符合法律法规的规定。
总结与建议：
中介克扣派遣工加班双倍工资是不合法的。如果派遣工遇到了这种情况，应当保留好相关证据，并尝试与中介进行协商。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，或者通过法律途径来维护自己的权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。