结论：在农村自建房没有签订书面合同但出现质量问题且尾款未结清的情况下，法院有可能以事实合同关系为依据，判决支付尾款，但具体结果需结合案件事实和证据综合判断。
一、事实合同关系的认定
在法律上，合同分为书面合同和事实合同（或称为口头合同、默示合同）。书面合同是明确记载双方权利义务的书面文件，而事实合同则是通过双方的行为、交易习惯或其他方式推断出双方存在合同关系。在农村自建房的场景中，如果双方没有签订书面合同，但房主已经接受了施工方的建房服务，并且施工方也实际完成了建房工作，那么双方之间就可能形成了事实合同关系。
二、质量问题的处理
质量问题的举证：
- 如果房主主张房屋存在质量问题，需要提供相应的证据，如照片、视频、鉴定报告等，以证明房屋确实存在质量问题。
- 施工方如果认为房屋质量符合约定或行业标准，也需要提供相应的证据进行反驳。
质量问题的法律后果：
- 如果房屋确实存在质量问题，且该问题是由于施工方的过错导致的，那么施工方可能需要承担修复、赔偿等法律责任。
- 同时，质量问题也可能成为房主拒绝支付尾款或要求减少尾款金额的理由。
三、尾款支付的法律分析
尾款支付的条件：
- 在事实合同关系下，尾款的支付通常取决于双方是否达成了关于尾款支付的口头或默示约定。
- 如果双方没有明确的约定，那么法院可能会根据行业惯例、公平原则等因素来判断尾款是否应支付以及支付的金额。
法院判决的依据：
- 法院在判决时，会综合考虑双方的行为、交易习惯、行业惯例以及证据情况等因素。
- 如果法院认定双方存在事实合同关系，并且施工方已经完成了建房工作（尽管存在质量问题），那么法院可能会判决房主支付部分或全部尾款，但同时可能会考虑质量问题的因素而减少尾款金额。
- 如果质量问题严重到导致房屋无法使用或存在安全隐患，法院可能会判决房主不支付尾款或要求施工方承担更大的赔偿责任。
四、建议与注意事项
收集证据：
- 无论是房主还是施工方，都应该积极收集与案件相关的证据，如建房过程中的照片、视频、聊天记录、付款凭证等。
- 证据是法院判断案件事实的重要依据，因此务必确保证据的完整性和真实性。
协商解决：
- 在诉讼之前，双方可以尝试通过协商的方式解决纠纷。协商解决可以节省时间和成本，并且有助于维护双方的关系。
- 如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。
寻求专业法律帮助：
- 由于法律问题具有复杂性和专业性，因此建议双方在处理此类纠纷时寻求专业律师的帮助。
- 律师可以提供专业的法律意见和诉讼策略，帮助双方更好地维护自己的权益。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，因此法院的判决也会因案件事实和证据的不同而有所差异。如果您或他人面临类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律分析和建议。