面对您因农村自建房存在质量问题而未支付尾款，进而被建筑公司起诉的情况，以下是我为您精心整理的应对策略，旨在帮助您保护合法权益并争取合理结果：

一、明确法律立场与合同义务

首先，要认识到仅仅因为房屋存在质量问题，并不能直接作为拒绝支付尾款的合法依据。您需要仔细审查与建筑公司签订的施工合同，特别是关于工程质量标准、验收程序、付款方式及纠纷解决方式的条款。这些条款将作为您评估自身权利和义务的重要依据。

二、全面收集证据

1. 质量证据：

   • 立即对房屋存在的质量问题进行详细记录，包括拍照、录像等方式，确保能够直观展示问题的存在和严重程度。
   • 考虑聘请专业的检测机构对房屋进行质量检测，并获取正式的检测报告。这将作为您证明房屋质量问题的有力证据。

2. 书面沟通记录：

   • 整理与建筑公司之间关于质量问题的所有沟通记录，包括聊天记录、邮件、短信等。这些记录将证明您曾及时提出质量问题，并尝试与建筑公司协商解决。

3. 合同与付款凭证：

   • 确保您手头有完整的施工合同和已支付款项的凭证。这将有助于您在法庭上清晰展示自己的付款情况，以及建筑公司是否按照合同约定履行了义务。

三、积极与建筑公司沟通协商

在法律程序启动前，尝试与建筑公司进行友好沟通。明确表达您并非恶意拖欠尾款，而是希望先解决房屋存在的质量问题。寻求双方都能接受的解决方案，如制定整改计划、分担整改费用或调整尾款支付方式等。并将协商结果书面化，以避免后续纠纷。

四、准备充分的应诉材料

如果协商无果，您需要准备答辩状来应对建筑公司的起诉。在答辩状中，明确指出房屋存在的质量问题，引用合同条款说明建筑公司未履行其义务，并阐述您拒绝支付尾款的合理依据。如有必要，您还可以提出反诉，要求建筑公司承担因质量问题给您造成的经济损失。

五、出庭应诉与尊重法院判决

1. 按时参加庭审：

   • 确保您按时参加庭审，并保持冷静理智的态度。在庭审过程中，清晰陈述您的观点和理由，并积极出示证据支持您的主张。

2. 尊重法院判决：

   • 无论判决结果如何，都要尊重法院的决定。如果判决对您有利，根据判决要求建筑公司履行义务；如果判决不利，仔细分析判决理由，并在规定时间内考虑是否提起上诉。

六、寻求专业法律意见

在整个过程中，咨询专业的律师是非常重要的。他们可以提供具体的法律建议，帮助您更好地理解合同条款、评估证据的有效性，并制定合适的应对策略。律师的参与将大大增加您在法律程序中的胜算。

综上所述，面对因房屋质量问题而被起诉的情况，您需要综合运用法律知识、合同条款和证据来维护自己的权益。通过积极沟通、充分准备和尊重法律程序，您将能够有效地应对这一挑战，并争取到公正合理的结果。