面对农村自建房出现质量问题反而被起诉违约的情况，您可以按照以下步骤来妥善解决：
一、明确自身立场与证据收集
梳理合同内容：
- 仔细审查您与建房方签订的建房合同，确认双方关于质量标准和验收流程的明确约定。
- 检查合同中是否有关于质量问题的处理条款，如整改期限、费用承担等，这将为您后续的维权提供重要依据。
收集质量问题证据：
- 拍摄照片或视频，清晰记录房屋存在的质量问题，如裂缝、渗漏、结构不稳等，并注明拍摄时间、地点。
- 如有必要，可请专业机构进行质量检测并出具报告，以证明房屋确实存在质量问题。
整理付款凭证：
- 收集已支付款项的收据、银行转账记录等证据，证明您已按合同约定支付了部分款项，这有助于说明您并非恶意拖欠尾款。
二、积极应诉与协商
提交答辩状：
- 在收到法院传票后，及时准备并提交答辩状，详细阐述房屋存在的质量问题及您的诉求。
- 答辩状中应明确指出对方在质量问题上的责任，以及您因质量问题而暂扣尾款的合理性，表明您并非违约方。
提出反诉或抗辩：
- 如果认为对方施工质量严重不合格，可在答辩期内提起反诉，要求对方承担违约责任或赔偿损失。
- 或者，以房屋存在质量问题为由进行抗辩，请求减少价款或延期付款，以维护您的合法权益。
尝试协商解决：
- 在诉讼过程中，保持开放态度，尝试与对方进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 可以考虑邀请第三方调解机构介入，协助双方达成和解协议，这样既能节省时间和精力，又能维护双方的关系。
三、法律途径解决争议
申请质量鉴定：
- 如双方对质量问题存在争议，可向法院申请委托有资质的质量检测机构进行检测。
- 检测结果将作为法院裁判的重要依据，有助于明确责任归属和解决方案。
遵循法院判决：
- 法院将根据双方提供的证据和法律规定作出判决。
- 如判决支持您的主张，您可据此要求对方承担相应责任；如判决不利，您也需依法履行义务，但可考虑上诉或寻求其他法律救济途径。
执行阶段注意事项：
- 若判决生效后对方不履行义务，您可向法院申请强制执行。
- 在执行过程中，仍需注意保留相关证据，以防对方提出异议或申诉，确保您的权益得到充分保障。
四、后续措施与建议
加强合同管理：
- 在未来签订建房合同时，务必明确质量标准、验收流程和付款方式等关键条款。
- 可约定预留一定比例的质量保证金，待质保期届满且无质量问题后再行支付，以降低质量风险。
选择正规施工队伍：
- 优先选择具有合法资质和施工经验的施工队伍，降低质量风险。
- 施工前核实对方身份信息和资质证书，签订书面合同并明确双方权利义务，确保合同合法有效。
及时维权：
- 发现质量问题后应及时与施工方沟通并要求整改。
- 如协商无果，可通过法律途径维护自身合法权益，确保问题得到妥善解决。
在整个过程中，如果您感到法律程序复杂或自己法律知识不足，可以寻求专业律师的帮助。他们会提供专业的法律意见和服务，助您更好地维护自己的权益。