关于您提出的“门市房不过户签协议合法吗”这一问题，我们需要从多个角度进行详细分析。

首先，从协议本身的合法性来看，门市房不过户签协议在内容符合规定且是双方真实意思表示的情况下是合法的。合同生效与否和是否办理过户登记并无直接关联。只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且是双方自愿、平等、协商一致的结果，那么该协议就是合法有效的。双方签订的门市房买卖协议，自成立时即生效，对双方具有法律约束力。任何一方不履行协议义务，都需承担相应的违约责任。

然而，未办理过户登记会存在一定法律风险。从物权的角度来看，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，需要依法进行登记才能发生效力。未经登记，不发生效力。这意味着，即便双方签订了买卖协议，如果未办理过户登记，门市房的所有权仍然归原产权人所有。在这种情况下，原产权人有可能将房屋再次出售、抵押，从而引发纠纷，损害买方的权益。此外，如果原产权人涉及诉讼，该房屋还有可能被法院查封、执行。

为了保障自身的权益，我建议您在签订门市房买卖协议后，及时办理过户登记手续。这样不仅可以确保房屋所有权的顺利转移，还可以避免因未过户而可能引发的各种法律风险和纠纷。

综上所述，门市房不过户签协议在内容合法且是双方真实意思表示的情况下是合法的，但存在法律风险。为了保障自身权益，建议您及时办理过户登记手续。如果您在办理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或相关机构。