关于“不能流转房签协议是否合法”的问题，结论前置如下：

1. 一般情况下，不能流转的房屋签订的协议在满足法定条件时是有效的，但这并不意味着房屋可以实际流转或买方能获得产权。
2. 若存在特定违法情形，如主体不适格、欺诈胁迫、恶意串通等，则协议可能无效。

详细分析：

一、一般情况下协议的有效性

根据《民法典》的相关规定，当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者当事人另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。这意味着，房屋买卖协议的效力与房屋是否能够实际流转是相互独立的。只要满足以下条件，协议即有效：

1. 当事人具有民事行为能力：签订协议的双方当事人必须具备相应的民事行为能力，即完全民事行为能力人或限制民事行为能力人在其能力范围内订立的合同。
2. 意思表示真实：协议的内容必须是当事人真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
3. 不违反法律法规：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。

举例：假设甲有一套因政策限制暂时不能流转的房屋，但他与乙签订了房屋买卖合同。只要该合同满足上述条件，即使在签订时无法立即办理流转手续，合同仍然成立并生效。乙有权要求甲按照合同约定协助办理流转手续，若甲拒绝，乙可依据合同追究其违约责任。

二、特殊情形下协议可能无效

然而，也存在一些特殊情形，可能导致不能流转的房屋签订的协议无效：

1. 主体不适格：如无民事行为能力人（8周岁以下的未成年人、不能辨认自己行为的成年人）签订的房屋买卖协议无效。
2. 欺诈、胁迫且损害国家利益：一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，且该行为损害了国家利益的，合同无效。
3. 恶意串通：如果买卖双方恶意串通，签订房屋买卖协议的目的是为了损害第三人（如债权人）的合法权益，那么该协议无效。
4. 违反法律法规的强制性规定：如买卖违法建筑等违反法律法规强制性规定的房屋，所签订的协议无效。
5. 违背公序良俗：协议内容如果违背了社会公共秩序和善良风俗，也可能被认定为无效。

举例：若甲明知房屋不能流转，仍通过欺诈手段与乙签订买卖合同，并意图损害乙的利益，那么该合同可能因欺诈而无效。

三、法律风险及建议

虽然满足条件的协议在当事人之间是有效的，但由于房屋不能实际流转，买方无法获得房屋的产权。因此，在面对不能流转的房屋时，双方应该充分了解相关法律规定和风险，并谨慎考虑是否签订协议。在签订协议时，可以明确约定违约责任和赔偿方式，以减少未来可能出现的纠纷。同时，建议双方在协议中约定，若未来房屋能够流转，甲方应积极协助乙方办理相关手续。

总结：不能流转的房屋签订的协议在一般情况下是有效的，但需满足法定条件。然而，由于房屋不能实际流转，买方可能面临无法获得产权的风险。因此，在签订此类协议时，双方应谨慎考虑并明确约定相关条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。