结论：员工离职后单位称其有1000元账款未上交，这一行为一般属于民事纠纷范畴，而非刑事案件。但需根据具体情况进一步分析。
一、民事纠纷角度
合同关系与债务纠纷：
- 员工在职期间，若因工作原因产生了与单位的账款往来，且双方存在明确的合同关系或约定，那么员工离职后未上交账款可能构成对单位的债务。
- 在这种情况下，单位可以通过民事诉讼途径，如向法院提起诉讼，要求员工返还账款或赔偿损失。
证据收集与诉讼准备：
- 单位需要收集相关证据，如账款记录、员工签字确认的文件、工作交接记录等，以证明员工确实存在未上交账款的事实。
- 同时，单位应咨询专业律师，了解诉讼流程和注意事项，确保诉讼的顺利进行。
二、刑事案件角度（一般不构成）
刑事犯罪的构成要件：
- 刑事犯罪通常要求行为人具有主观故意，且行为具有社会危害性，触犯了刑法规定。
- 在员工未上交账款的情况下，除非能证明员工具有非法占有目的，且通过欺骗、隐瞒等手段故意不归还账款，否则一般不构成刑事犯罪。
职务侵占罪的例外情况：
- 职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
- 但在此案例中，仅凭员工未上交1000元账款，很难直接认定为职务侵占罪。因为职务侵占罪通常要求数额较大，且行为人具有明确的非法占有目的。1000元的金额通常达不到职务侵占罪的立案标准（具体标准因地区而异，但一般远高于1000元）。
三、建议与措施
与员工协商：
- 在采取法律行动之前，单位可以尝试与员工进行协商，了解未上交账款的原因，并寻求解决方案。
- 协商过程中，单位可以保留相关证据，以备不时之需。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果，单位应咨询专业律师，了解具体的法律途径和解决方案。
- 律师可以根据单位的具体情况，提供针对性的法律建议，并协助单位进行诉讼或仲裁等法律程序。
完善内部管理：
- 为了避免类似情况的发生，单位应完善内部管理机制，明确账款交接流程和责任划分。
- 同时，单位可以加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和职业道德水平。
总结：员工离职后单位称其有1000元账款未上交，这一行为一般属于民事纠纷范畴。单位可以通过民事诉讼途径解决纠纷，但需收集相关证据并咨询专业律师。除非能证明员工具有非法占有目的且数额较大，否则一般不构成刑事犯罪。单位在处理此类纠纷时，应保持冷静和理性，通过合法途径维护自身权益。如果有任何法律问题，都可以直接向我咨询。