该员工的行为涉嫌职务侵占，公司可依据内部规章制度处理，情节严重可报警追究其刑事责任，同时可要求其返还侵占款项并赔偿损失。具体分析如下：

1. 从公司内部管理角度：

   • 公司应首先核查自身的规章制度，确认是否有关于员工交接工作及财物管理的明确规定。若员工违反规定，未将工作交接中的财物如数上交，公司可依据规章制度对其进行相应的纪律处分，如警告、罚款、解除劳动合同等。
   • 在处理过程中，公司应确保程序合法合规，收集并保存好相关证据，如交接清单、监控录像、证人证言等，以证明员工确实存在侵占行为。

2. 从民事法律角度：

   • 员工将公司财物据为己有，侵犯了公司的财产权。公司有权要求员工返还侵占的款项，并可要求其赔偿因侵占行为给公司造成的损失。
   • 若员工拒绝返还或赔偿，公司可通过民事诉讼途径，向法院提起诉讼，要求员工承担民事责任。

3. 从刑事法律角度：

   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，员工利用职务上的便利，将公司财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。虽然2000多元可能未达到职务侵占罪的刑事立案标准（具体标准因地区而异，一般需达到一定数额，如6万元以上），但若员工多次侵占或侵占数额累计达到标准，或存在其他严重情节，公司可向公安机关报案，追究其刑事责任。
   • 即使未达到刑事立案标准，公安机关也可依据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对员工进行治安处罚，如罚款、拘留等。

建议行动步骤：

• 公司应尽快与员工沟通，要求其返还侵占的款项，并说明若不配合将采取进一步措施。
• 同时，公司应完善内部规章制度，加强财物管理，防止类似事件再次发生。
• 若员工拒绝配合，公司可依据规章制度进行处理，并考虑通过法律途径维护自身权益。

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