核心结论：公司协议中约定“3个月才能离职”的条款，其法律效力需结合具体情况判断，劳动者并非绝对受此约束。以下是具体分析：

1. 协议条款的合法性需审查

• 若条款违反法律强制性规定：根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前30日以书面形式通知用人单位，即可解除劳动合同（试用期提前3日）。若协议中“3个月才能离职”的约定排除了劳动者的法定解除权，则该条款因违反法律强制性规定而无效。
• 若条款属于双方协商一致：若协议是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定（如未排除法定解除权），则可能被认定为有效。但需注意，此类约定通常适用于特定岗位或行业（如涉及商业秘密、技术保密的岗位），且需符合比例原则。

2. 劳动者如何应对

• 优先行使法定解除权：即使协议有约定，劳动者仍可依据《劳动合同法》第三十七条提前30日通知离职。若公司以此为由拒绝办理离职手续或扣发工资，劳动者可通过劳动仲裁主张权利。
• 协商变更或解除协议：若劳动者希望提前离职，可与公司协商变更协议条款（如缩短等待期），或通过支付违约金（如有约定）的方式解除协议。但违约金金额需合理，不得超过法定上限（如服务期违约金不得超过培训费用）。
• 注意证据留存：若公司以协议为由限制离职，劳动者需留存书面协议、通知离职的证据（如邮件、书面通知）等，以备后续维权。

3. 特殊情形：服务期协议

• 若公司为劳动者提供了专项培训费用并约定服务期，劳动者在服务期内离职需支付违约金。但违约金金额不得超过公司提供的培训费用，且需按未履行服务期比例分摊。此时，“3个月才能离职”的约定可能作为服务期的一部分，但需明确违约金计算方式。

4. 建议行动步骤

• 第一步：仔细审查协议条款，确认是否排除了法定解除权或设置了不合理限制。
• 第二步：与公司协商，明确离职时间及手续办理流程，尽量达成书面一致。
• 第三步：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张协议无效或要求公司履行法定义务。

总结：协议中的“3个月才能离职”条款不一定具有绝对约束力，劳动者需结合法律规定和协议内容综合判断。如有疑问，可直接向我咨询具体应对方案。