签三方协议工作满三个月后，你确实有权选择离职，但需遵循一定的法律程序和合同约定。以下是从不同角度为你详细分析的解答：

一、离职的法律依据

1. 三方协议的性质：三方协议是毕业生、用人单位和学校之间就学生就业意向所达成的一种初步约定，它并不等同于正式的劳动合同。因此，即使签订了三方协议，你仍然享有离职的权利。

2. 劳动合同法的规定：根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者有权提前通知用人单位解除劳动合同。通常，正式员工需提前三十日以书面形式通知用人单位，而试用期内则需提前三日通知。

二、离职前的准备与注意事项

1. 审查合同条款：

   • 仔细阅读三方协议和劳动合同中关于离职、试用期、提前通知期等条款，确保你的离职行为符合合同要求。
   • 如果协议或合同中有服务期或违约金等约定，评估离职是否构成违约，并准备承担相应责任或寻求法律调整。

2. 与用人单位沟通：

   • 主动与用人单位进行协商，明确表达你的离职意愿和原因。
   • 争取得到用人单位的理解和支持，双方可以协商解除三方协议和劳动合同的具体事宜。

三、离职流程与手续办理

1. 提出离职申请：

   • 以书面形式向用人单位提交离职申请，明确离职原因和预计离职日期。确保申请符合劳动合同和公司规定中的格式和要求。

2. 工作交接：

   • 与指定人员全面交接工作，包括文件、项目进展、待办事项等，确保工作的连续性和稳定性。

3. 办理离职手续：

   • 协助用人单位完成离职手续，如填写离职申请表、进行离职面谈、归还工作证件和门禁卡等。
   • 如果需要支付违约金，应严格按照三方协议中的约定履行支付义务。

四、离职后的权益保护

1. 工资结算：

   • 确保用人单位按照法律规定和劳动合同约定，及时、足额支付你应得的工资和福利。
   • 如遇拖欠，先与用人单位协商解决；协商不成，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 社保与公积金：

   • 确认用人单位已为你办理社会保险和公积金的减员手续，避免影响后续缴纳。
   • 如发现未及时处理，导致损失，用人单位应承担相应责任。

五、特殊情况下的离职处理

• 如果三方协议或劳动合同中有特殊约定：如离职需提前更长时间通知、需支付高额违约金等，你应仔细评估这些条款的合理性和合法性。如果认为条款不公平或违法，可以与用人单位协商修改或寻求法律帮助。

• 如果用人单位存在违法行为：如拖欠工资、未缴纳社保等，你有权立即解除劳动合同，并无需承担违约责任。同时，你可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

总结与建议：签三方协议工作满三个月后离职是一个涉及多方面法律和合同问题的过程。为了确保离职过程的顺利进行并避免不必要的法律纠纷，我建议你仔细审查合同条款、遵守法律规定、妥善办理离职手续，并积极维护自身权益。如果你在离职过程中遇到任何法律问题或困难，可以直接向我咨询，我会为你提供具体、专业的帮助和指导。