一般而言，员工请假超过三次并不能直接成为公司要求其离职的合法理由。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 劳动合同与规章制度的角度

• 劳动合同约定：首先，需要查看员工与公司签订的劳动合同中是否有关于请假次数与离职的明确约定。如果合同中没有此类条款，公司单方面以请假超过三次为由要求员工离职，可能构成违约。
• 规章制度：其次，公司内部的规章制度（如员工手册）中是否规定了请假次数与离职的关联。但即便有规定，也需确保该规章制度已经过民主程序制定，且内容合法、合理，不违反法律法规的强制性规定。否则，该规章制度可能无法作为公司要求员工离职的合法依据。

2. 法律法规的角度

• 《劳动合同法》：根据《劳动合同法》的相关规定，公司解除劳动合同需符合法定情形，如员工严重违反公司规章制度、严重失职给公司造成重大损害等。单纯以请假超过三次为由解除劳动合同，并不属于法定解除情形。
• 劳动权益保护：员工享有合法的休息休假权利，包括病假、事假等。公司应尊重并保障员工的这些权利，不得随意剥夺或限制。

3. 实际操作与风险的角度

• 沟通协商：在实际操作中，如果员工请假次数确实较多，影响了公司的正常运营，公司应首先与员工进行沟通协商，了解请假原因，并尝试寻找解决方案，如调整工作时间、安排补班等。
• 合法解除程序：如果公司认为员工的行为确实构成了严重违反公司规章制度，且符合法定解除情形，那么公司在解除劳动合同时，也需遵循法定程序，如提前通知员工、支付经济补偿等。否则，可能面临劳动争议和法律风险。

4. 建议与措施

• 完善规章制度：公司应完善内部规章制度，明确请假制度、离职条件等，并确保这些制度已经过民主程序制定，且内容合法、合理。
• 加强沟通与培训：公司应加强与员工的沟通与培训，提高员工的法律意识和规则意识，减少因误解或无知而导致的劳动争议。
• 寻求法律帮助：如果公司在处理员工请假和离职问题时遇到法律难题，应及时寻求专业律师的帮助，以确保公司的合法权益得到保障。

总结来说，员工请假超过三次并不能直接成为公司要求其离职的合法理由。公司在处理此类问题时，应遵循法律法规和内部规章制度，加强与员工的沟通与协商，并寻求必要的法律帮助。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。