员工和单位的保密协议一般不可以直接放在政府主管单位保管，但特定情况下可能涉及政府主管单位的介入或备案。以下从不同角度进行分析：

1. 保密协议的法律性质与保管主体

• 保密协议是员工与单位之间就商业秘密、技术秘密等保密信息达成的约定，属于民事合同范畴。根据合同相对性原则，保密协议的保管主体通常为合同双方（即员工和单位），而非第三方政府机构。
• 政府主管单位（如劳动局、工商局等）一般不直接参与民事合同的保管，除非法律明确规定或双方自愿委托。

2. 政府主管单位可能介入的情形

• 备案要求：某些行业或地区的法规可能要求单位将保密协议（或相关保密制度）向政府主管单位备案，例如涉及国家秘密、军工企业等特殊领域。但备案不等于由政府保管，通常仅需提交复印件或摘要供监管使用。
• 劳动争议处理：若员工与单位因保密协议发生争议（如违约金纠纷），劳动仲裁机构或法院可能要求双方提供协议原件作为证据。此时，政府主管单位（如劳动仲裁委）会临时调取协议，但不会长期保管。
• 行政监管：政府主管单位可能对单位的保密措施进行监督检查，但检查内容通常为保密制度执行情况，而非直接保管协议。

3. 保密协议保管的实务建议

• 单位保管：单位应妥善保管保密协议原件，建议建立专门的档案管理制度，确保协议的安全性和可追溯性。
• 员工留存：员工有权要求单位提供协议复印件或签字确认的副本，以备后续维权使用。
• 电子化存储：双方可协商将协议扫描为电子版，通过加密方式存储于云端或单位内部系统，但需注意数据安全。

4. 法律风险提示

• 若单位未经员工同意将协议交由政府主管单位保管，可能涉嫌侵犯员工隐私权或商业秘密权。
• 若政府主管单位要求单位提交协议但未明确法律依据，单位有权拒绝或要求出具正式文件。

总结：保密协议的保管主体通常为员工和单位，政府主管单位一般不直接保管。但在特定行业或争议处理中，可能涉及政府主管单位的介入或备案。建议双方根据合同约定和法律规定，明确协议的保管方式，并保留必要的副本以备查证。如有进一步疑问，可直接向我咨询。