房子违约金五十万由中介签是否合法，需从以下几个方面进行判断：
合同双方的真实意思表示：
- 如果合同中的五十万违约金是房屋买卖双方及中介在平等、自愿的基础上，经过充分协商后达成的真实意思表示，且不存在欺诈、胁迫等情形，那么该违约金条款在形式上可能是合法的。这是因为合同法的核心原则之一是尊重当事人的真实意愿，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就应当认定为有效。
违约金数额的合理性：
- 违约金数额的约定应当合理，一般不超过实际损失的百分之三十。在房屋买卖合同中，如果五十万违约金与可能造成的损失（如中介服务费用损失、另一方重新寻找交易机会的损失等）相适应，那么该违约金数额可能是合理的。然而，如果五十万违约金远远超出实际可能造成的损失，违约方可以请求法院或者仲裁机构予以适当减少。这是因为过高的违约金可能构成显失公平，违反了合同法的公平原则。
中介的行为是否合法：
- 中介在签订合同时，必须确保其行为合法合规，不得利用格式条款不合理地加重对方责任、排除对方主要权利。如果中介在合同中设置了不合理的违约金条款，如单方面提高违约金数额、限制对方解除合同的权利等，那么该违约金条款可能是无效的。此外，如果中介存在故意隐瞒与订立合同有关的重要事实或者提供虚假情况等行为，损害委托人利益的，不仅不得要求支付报酬，还应当承担损害赔偿责任。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 审查合同内容：首先，您应当仔细审查房屋买卖合同及中介服务合同的内容，特别是关于违约金的条款。确认该条款是否是双方真实意思表示，违约金数额是否合理，以及中介是否存在违法行为。
- 协商与调解：如果发现合同中的违约金条款存在问题，您可以与对方及中介进行协商，尝试达成一个更为合理的违约金数额。如果协商不成，您可以考虑通过调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。
- 寻求法律帮助：在处理此类纠纷时，建议您寻求专业律师的帮助。律师可以根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议，帮助您维护自己的合法权益。
最后，需要强调的是，法律问题的处理往往涉及复杂的法律关系和事实认定，因此，在处理此类纠纷时，务必保持谨慎和理性，避免因情绪化或盲目行动而给自己带来不必要的损失。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。