买房合同中协议违约金一百万是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
双方明确约定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，合同双方可以自行协商确定违约金的数额或计算方式，这必须体现在书面合同中，并反映双方的真实意愿。因此，如果双方在合同中明确约定了违约金为一百万，且该约定是双方真实意思的表示，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么这一约定在形式上是合法的。
数额合理且与实际损失相符：
- 法律虽未规定具体的违约金数额或比例，但违约金的设定应当合理，不能过高或过低。司法实践中，一般认为当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，可能被认定为“过分高于造成的损失”，法院或仲裁机构可根据请求适当减少。
- 在购房合同中，如果一百万的违约金与因违约行为给对方造成的实际损失（包括直接损失和间接损失，如购房款利息、房价上涨导致的差价损失等）大致相当，那么这一约定在实质上也是合法的。但如果一百万的违约金明显高于实际损失，那么违约方可以请求法院或仲裁机构适当减少违约金数额。
不违反法律法规：
- 违约金的约定必须符合国家相关法律法规的规定，不得违反法律禁止性条款。例如，某些地区可能有关于违约金上限的特殊规定，或者对于特定类型的合同（如消费者合同）有额外的保护要求。如果一百万的违约金违反了这些规定，那么这一约定就是不合法的。
实际操作建议：
- 在签订购房合同时，双方应充分协商并明确约定违约金的数额或计算方式，确保该条款体现双方的真实意愿，并且数额合理、与实际损失相符。
- 如果发生违约纠纷，受损害方应根据合同约定和实际损失情况来主张赔偿。如果认为违约金过高或过低，可以请求法院或仲裁机构进行调整。
举例说明：
假设购房合同中约定违约金为一百万，但实际损失只有五十万。在这种情况下，违约方可以请求法院或仲裁机构将违约金减少至与实际损失相符的数额，如六十万（即实际损失的百分之三十加上实际损失本身，但具体数额需由法院或仲裁机构根据具体情况判断）。
综上所述，买房合同中协议违约金一百万是否合法，需结合双方约定、数额合理性以及是否违反法律法规等多方面因素进行判断。如果你在购房合同中遇到了违约金相关的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。