结论前置：针对老板借支款项部分使用并已开发票，剩余款项的处理，需根据款项性质、公司财务制度及双方约定综合判断。以下是具体分析：

1. 明确款项性质与用途

• 借款性质：若老板以个人名义借支（如“备用金”），剩余款项应返还公司账户，避免被认定为“公款私用”或“挪用资金”。
  法律依据：根据《刑法》第272条，挪用单位资金归个人使用或借贷他人，数额较大且超过3个月未还的，可能构成挪用资金罪。
• 项目专项款：若款项为特定项目预支（如采购、差旅），剩余款项需按项目结算规则处理：
  
  • 已开发票部分对应实际支出，剩余款项应退回或冲抵后续项目费用；
    
  • 若项目未完成，需保留剩余款项作为后续支出，但需补充书面说明并经审批。

2. 核对财务流程与证据

• 发票与支出匹配：已开发票需与实际支出一致，避免“虚开发票”风险（如发票金额大于实际支出）。
  风险提示：根据《发票管理办法》第22条，虚开发票可能面临罚款（1万-5万元），情节严重者追究刑事责任。
• 审批与记录：剩余款项处理需经财务部门审核，留存审批单、支出明细等证据，防止后续纠纷。

3. 双方约定优先

• 书面协议：若借支时有书面约定（如“多退少补”），按协议执行；
  
• 口头约定：无书面协议时，建议补充书面确认，明确剩余款项处理方式（如返还、抵扣其他借款等）。

4. 实务建议

• 立即沟通：与老板或财务部门确认剩余款项用途，避免长期挂账；
  
• 书面留痕：通过邮件、微信等书面形式确认处理结果，防止口头约定无据可查；
  
• 合规操作：若涉及大额资金，建议通过公司对公账户转账，避免现金往来。

总结：剩余款项的处理需兼顾合规性与灵活性，核心是“证据充分、流程合规”。如有具体金额、款项性质或公司制度细节，可进一步提供信息，我将为您定制解决方案。