关于被限制人身自由人员工资的发放问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，被限制人身自由的情况可能因多种原因而发生，如涉嫌犯罪被羁押、因行政拘留等被限制自由。这些不同的情况，对工资发放的影响也是各不相同的。
一、羁押性质与工资发放的关系
涉嫌犯罪被羁押：
- 当员工因涉嫌犯罪被依法羁押时，他们无法正常为单位提供劳动。根据原劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第28条的规定，用人单位在此情况下可以暂时停止劳动合同的履行，包括工资的发放。这是因为，员工在羁押期间无法履行其作为劳动者的基本义务，即提供劳动。
因行政拘留等被羁押：
- 如果员工因违反治安管理等被行政拘留，同样由于无法履行工作职责，单位通常会选择暂停发放工资。虽然《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条主要规定了劳动者被依法追究刑事责任时，用人单位可以解除劳动合同，但行政拘留并不属于刑事责任范畴。然而，从劳动管理的实际出发，员工因违法被限制人身自由期间无法提供劳动，单位暂停支付工资是出于合理的管理考虑。
二、羁押人员身份对工资发放的影响
国家机关和事业单位工作人员：
- 对于这类人员，被羁押期间一般停发工资。如果后续证明无罪或未予起诉，且未被劳动教养或治安拘留，原单位应补发被羁押期间的工资等待遇。但如果被劳动教养、治安拘留，或被给予行政纪律处分，则相关待遇不予补发。
其他员工（如公司职员、自营商铺的雇佣职员等）：
- 对于这类员工，如果涉嫌犯罪被羁押，单位可以暂停劳动合同的履行，包括工资的发放。具体处理方式可能需要与单位协商确定，并需考虑劳动合同、单位规章制度以及相关法律法规的规定。
三、案件后续处理对工资发放的影响
无罪释放：
- 如果员工最终被证明是无罪的，即被错误限制人身自由，单位应补发之前暂停发放的工资。此外，员工还可以依据《国家赔偿法》向有关部门要求赔偿，以弥补其因错误羁押而遭受的损失。
有罪判决：
- 如果员工被依法判处刑罚，单位一般会根据判决结果和单位的规章制度作出进一步处理，如解除劳动合同。在这种情况下，单位通常不会再发放工资，因为员工已经无法继续履行其作为劳动者的义务。
四、特殊情况的处理
- 如果员工在羁押期间希望辞职，这是劳动者向用人单位提出解除劳动合同的行为。单位应予以考虑，并按照相关规定处理辞职事宜，包括工资结算等。
- 单位在羁押期间不能直接开除劳动者，但可以与其暂时停止劳动合同的履行。这是为了保障劳动者的合法权益，同时避免单位因员工被羁押而遭受不必要的损失。
五、法律依据与建议
- 除了上述提到的法律法规外，对于国家机关和事业单位工作人员的工资处理，还需参考人事部《关于国家机关、事业单位工作人员受行政刑事处罚工资处理意见的通知》等相关规定。
- 在实际操作中，建议单位咨询专业法律人士或相关部门以获取准确的指导和帮助。因为工资发放问题涉及劳动者的切身利益，也关系到单位的合法合规运营。
综上所述，被限制人身自由人员工资的发放是一个复杂而敏感的问题。单位在处理此类问题时，应综合考虑多个因素，并遵循相关法律法规的规定。