乙在宅基地使用权转让后，若第三方侵犯其合法权益，是有权起诉第三方的。以下从不同角度为您详细分析：
一、宅基地使用权转让的法律效力
宅基地使用权转让后，受让人（乙）即取得了该宅基地的合法使用权。这一转让行为若符合相关法律法规（如《土地管理法》等）的规定，且已办理了相应的权属变更手续，那么乙就成为了该宅基地的合法权利人，享有对该宅基地的占有、使用和收益的权利。
二、乙起诉第三方的法律依据
物权保护：根据《民法典》的相关规定，物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。乙作为宅基地的合法使用权人，若第三方侵犯了其宅基地使用权（如非法占用、破坏等），乙有权依法提起诉讼，要求第三方停止侵害、排除妨碍、恢复原状或赔偿损失等。
合同相对性原则的突破：虽然宅基地使用权转让合同是甲和乙之间签订的，但一旦转让完成且乙取得了合法使用权，那么乙与第三方之间就形成了新的法律关系。若第三方侵犯了乙的合法权益，乙就有权基于物权保护的原则起诉第三方，而无需受合同相对性原则的限制。
三、可能涉及的第三方侵权情形及乙的应对措施
非法占用：若第三方未经乙同意，非法占用了乙的宅基地，乙可以要求第三方立即停止占用，并恢复原状。若第三方拒不履行，乙可以向法院提起诉讼，要求法院强制执行。
破坏宅基地：若第三方破坏了乙的宅基地（如挖掘、填埋等），导致乙无法正常使用，乙可以要求第三方赔偿损失，并恢复原状。同样，若第三方拒不履行，乙可以向法院提起诉讼。
其他侵权行为：若第三方实施了其他侵犯乙宅基地使用权的行为（如设置障碍物、堆放杂物等），乙也可以根据具体情况，要求第三方停止侵害、排除妨碍或赔偿损失等。
四、乙起诉第三方时的注意事项
收集证据：乙在起诉第三方前，应收集充分的证据来证明第三方的侵权行为以及自己因此遭受的损失。这些证据可以包括现场照片、视频、证人证言、鉴定报告等。
明确诉讼请求：乙在起诉时，应明确自己的诉讼请求，如要求第三方停止侵害、排除妨碍、恢复原状或赔偿损失等。同时，应提供相应的计算依据和标准。
选择合适的诉讼途径：乙可以根据具体情况选择合适的诉讼途径，如向基层人民法院提起民事诉讼等。在诉讼过程中，乙应积极配合法院的工作，提供必要的证据和材料。
总结与建议：
乙在宅基地使用权转让后，若第三方侵犯其合法权益，是有权起诉第三方的。在起诉前，乙应收集充分的证据来证明第三方的侵权行为以及自己因此遭受的损失；在起诉时，应明确自己的诉讼请求并提供相应的计算依据和标准；同时，应选择合适的诉讼途径并积极配合法院的工作。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。