针对您提出的“员工有欠款未退回离职时离职手续怎么办理”的问题，这确实是一个涉及员工权益和公司管理规定的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、明确欠款性质与责任
首先，需要明确的是，员工欠款未退回，这通常指的是员工在任职期间因各种原因（如预支工资、借用公司财物未归还等）形成的对公司的债务。在离职时，这笔债务应当得到妥善处理。
二、离职手续办理流程
提前沟通：
- 员工在提出离职前，应与公司相关部门（如财务部、人力资源部）进行沟通，明确欠款情况，并表达归还意愿。
- 公司也应主动与员工沟通，了解欠款原因，并协商解决方案。
制定还款计划：
- 如果员工无法一次性归还欠款，可以与公司协商制定还款计划，明确还款金额、时间和方式。
- 还款计划应书面化，并由双方签字确认，以确保其法律效力。
办理离职交接：
- 在欠款问题得到妥善处理前，员工应继续履行工作职责，完成离职交接工作。
- 离职交接单上应注明欠款情况及处理方式，作为双方权益的保障。
结算工资与福利：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司在员工离职时应结清工资、奖金、津贴等劳动报酬。
- 如果员工存在欠款，公司可以在结算工资时予以扣除，但应确保扣除金额不超过员工应得工资总额，并符合相关法律法规的规定。
办理离职证明：
- 员工在完成所有离职手续后，公司应为其出具离职证明，证明其在公司的工作经历及离职原因。
- 离职证明上不应注明与欠款相关的负面信息，以免对员工未来就业造成不利影响。
三、法律风险与防范
公司不得随意扣款：
- 根据相关法律法规，公司不得随意从员工工资中扣除款项，除非有明确的合同约定或法律法规依据。
- 如果公司未经员工同意擅自扣款，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
员工应履行还款义务：
- 员工在离职前应履行还款义务，否则可能面临法律纠纷和信用损失。
- 如果员工确实存在还款困难，应与公司协商解决方案，避免问题恶化。
四、建议与总结
- 建议：对于员工而言，在离职前应主动与公司沟通欠款问题，并制定合理的还款计划。对于公司而言，应完善内部管理制度，明确欠款处理流程，并加强与员工的沟通与协商。
- 总结：员工有欠款未退回时离职手续的办理需要双方共同努力和协商。通过提前沟通、制定还款计划、办理离职交接和结算工资等步骤，可以确保离职过程的顺利进行，并维护双方的合法权益。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时与我联系。