当在确认劳动关系时遇到公司不配合的情况，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
收集与劳动关系相关的各类证据：
- 工作证：这是最直观的证明你在该公司工作的身份的证据。
- 考勤记录：可以明确你的出勤情况，是证明你实际为公司工作的重要依据。
- 工资发放凭证：直接体现了劳动报酬的支付情况，是确认劳动关系的关键证据。
- 其他证据：如工作邮件、聊天记录、同事证言等，也可以作为辅助证据来证明你与公司之间的劳动关系。
向劳动监察部门进行投诉：
- 劳动监察部门拥有法定的职权，能够责令公司提供相关证据。你可以向劳动监察部门提交你收集到的证据，并请求他们介入调查。
- 如果公司依旧不配合提供证据，劳动监察部门会依据已有的证据作出认定，以维护你的合法权益。
提起劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门无法有效解决问题，你可以考虑提起劳动仲裁。
- 在仲裁过程中，你需要承担初步的举证责任，尽可能多地提供证据来证明存在劳动关系的可能性较大。
- 仲裁庭会严格根据双方提供的证据进行判断。倘若公司仍然不配合，仲裁庭会依据现有的证据作出公正的裁决。
在采取上述措施时，你需要注意以下几点：
- 确保证据的真实性和完整性：你提供的证据必须真实可靠，且能够完整地证明你与公司之间的劳动关系。
- 及时行动：一旦发现公司不配合确认劳动关系，你应该尽快采取行动，以免错过最佳的维权时机。
- 保持冷静和理性：在维权过程中，你可能会遇到各种困难和挑战，但你需要保持冷静和理性，依法维护自己的权益。
如果公司持续不配合，且你无法通过上述途径解决问题，你还可以考虑以下法律途径：
- 向法院提起诉讼：如果劳动仲裁无法解决问题，你可以向法院提起诉讼，要求法院确认你与公司之间的劳动关系，并维护你的合法权益。
最后，我要强调的是，劳动关系确认是一个复杂且重要的过程，它直接关系到你的劳动权益。因此，在遇到公司不配合的情况时，你一定要善于运用多种途径，充分利用各种证据，坚持不懈地推动劳动关系的确认。如果你在这个过程中遇到任何问题或困惑，都可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律帮助。