结论：公司因客户回款逾期扣提成，是否可以申请劳动仲裁，取决于提成扣减的合法性及劳动合同或公司规章制度的约定。若公司行为违法或违约，劳动者有权申请劳动仲裁。
一、提成扣减的合法性分析
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确规定了提成的计算方式、支付条件及扣减情形，且客户回款逾期属于合同约定的扣减事由，则公司扣减提成可能具有合法性。
- 若劳动合同未明确约定或约定不明确，公司单方面扣减提成可能缺乏法律依据。
公司规章制度：
- 公司规章制度若经过民主程序制定，且内容合法、合理，对劳动者具有约束力。若规章制度中规定了客户回款逾期扣提成的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则公司扣减提成可能合法。
- 若规章制度未经民主程序制定，或内容违法、不合理，则对劳动者不具有约束力，公司扣减提成可能违法。
法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。提成作为劳动报酬的一部分，应当受到法律保护。
- 若公司扣减提成违反了法律法规的强制性规定，如未足额支付劳动报酬，则劳动者有权要求公司补发提成，并可能通过法律途径维护自己的合法权益。
二、申请劳动仲裁的条件与流程
申请条件：
- 劳动者认为公司扣减提成违法或违约，且与公司协商无果。
- 劳动者已与公司建立劳动关系，且扣减提成的事实发生在劳动关系存续期间。
申请流程：
- 准备材料：包括劳动合同、工资条、提成计算明细、公司扣减提成的通知或证据等。
- 提交申请：向公司所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书及证据材料。
- 仲裁审理：劳动争议仲裁委员会受理申请后，将组织双方进行调解或开庭审理。
- 裁决结果：仲裁委员会根据审理情况作出裁决，裁决结果具有法律效力。
三、法律建议与风险提示
法律建议：
- 劳动者在遇到公司扣减提成的情况时，应首先查看劳动合同和公司规章制度的相关规定。
- 若认为公司扣减提成违法或违约，应及时与公司协商解决；协商无果的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 在申请仲裁前，劳动者应收集并保存好相关证据材料，以便在仲裁过程中证明自己的主张。
风险提示：
- 申请劳动仲裁需要一定的时间和精力投入，劳动者应做好相应的准备。
- 仲裁结果可能并不完全符合劳动者的预期，劳动者应做好心理准备并考虑是否接受裁决结果。
- 若对仲裁结果不服，劳动者可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。
总结：公司因客户回款逾期扣提成是否可以申请劳动仲裁，取决于提成扣减的合法性及劳动合同或公司规章制度的约定。若公司行为违法或违约，劳动者有权申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。在申请仲裁前，劳动者应充分了解相关法律法规和程序要求，并收集好相关证据材料。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。