在民间借贷纠纷中，若超过诉讼时效后双方仅就借款本金达成新的合意，违约金是否可以抗辩，需分情况讨论：
一、新合意未涉及违约金的情况
法律效果：
- 当双方仅就借款本金达成新的合意，而未对原合同中的违约金条款进行重新约定或确认时，原合同中的违约金条款通常不再具有约束力。这是因为诉讼时效期间届满后，原债权债务关系在法律上已失去强制执行力，除非双方通过新的合意重新确认或修改了原合同条款。
抗辩理由：
- 债务人可以主张，由于诉讼时效期间已届满，且双方未就违约金条款达成新的合意，因此原合同中的违约金条款不再适用。债权人若要求支付违约金，将缺乏法律依据。
二、新合意隐含或排除违约金的情况
隐含排除：
- 如果双方在新的合意中未提及违约金，但根据交易习惯或合同目的可以推断出双方已排除违约金条款的适用，那么债务人同样可以抗辩不支付违约金。
明确排除：
- 若双方在新的合意中明确排除了原合同中的违约金条款，例如通过书面协议或口头约定（有证据支持）表明不再追究违约金，那么债务人当然可以据此抗辩。
三、新合意对原合同有实质性变更的情况
法律效果：
- 如果双方达成的新合意对原合同进行了实质性变更，包括但不限于借款金额、还款期限、利率等关键条款，且未明确保留或重新约定违约金条款，那么可以视为双方已用新的债权债务关系取代了旧的债权债务关系。在这种情况下，原合同中的违约金条款通常不再适用于新的债权债务关系。
抗辩理由：
- 债务人可以主张，由于双方已达成新的合意并对原合同进行了实质性变更，且未就违约金条款达成新的约定，因此原合同中的违约金条款不再适用于新的债权债务关系。
四、特殊情况：新合意中重新约定了违约金
- 如果双方在新的合意中不仅确认了借款本金，还重新约定了违约金条款（包括违约金的数额、计算方式等），那么债务人应当按照新的约定支付违约金。在这种情况下，债务人不能以诉讼时效期间届满为由抗辩不支付违约金。
法律建议
- 对于债权人：在诉讼时效期间届满后与债务人达成新的合意时，应明确约定是否保留或修改原合同中的违约金条款，以避免后续纠纷。
- 对于债务人：在签订新的合意时，应仔细审查合同条款，确保自身权益不受损害。如果债权人要求支付违约金，而债务人认为缺乏法律依据，可以积极抗辩并寻求法律帮助。
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