民间借贷合同被认定为无效后，不适用诉讼时效抗辩。以下是对此结论的详细阐述：

1. 合同无效的本质：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十五条，无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。这意味着，一旦民间借贷合同被认定为无效，该合同从成立时起就不具备法律效力。
   • 合同无效具有违法性、自始无效性和当然无效性，这种无效状态是绝对的，不因时间的推移而改变。因此，对合同无效的确认是一种对事实的法律认定，不受诉讼时效的限制。

2. 权利性质的角度：

   • 民间借贷合同无效后，当事人主张的返还借款本金及利息等，实质上是一种基于不当得利或恢复原状的物权请求权。
   • 这种请求权旨在恢复物权的圆满状态，与普通的债权请求权不同，它不受诉讼时效制度的约束。如果对其适用诉讼时效，将可能导致不法当事人因时效届满而获取非法利益，这显然违背了法律的公平正义原则。

3. 法律依据与分析：

   • 《中华人民共和国民法典》第一百八十八条虽然规定了普通诉讼时效期间为三年，但第一百九十六条同时列举了不适用诉讼时效的请求权类型，并指出“依法不适用诉讼时效的其他请求权”也包含在内。
   • 结合民法理论，申请确认合同无效的权利属于形成权，而非债权请求权，因此不在诉讼时效的适用范围之内。
   • 《全国法院民商事审判工作会议纪要》（九民纪要）第124条第二款也进一步体现了合同效力及相关权利主张与诉讼时效的关联逻辑，即使主债权诉讼时效期间届满，抵押人等案外人仍可以主张不承担担保责任，这强化了合同基础效力与物权性质权利主张不受简单诉讼时效限制的原则。

4. 司法实践的一致性：

   • 在司法实践中，法院普遍认同确认合同无效的权利不受诉讼时效的限制。这是因为合同无效是对合同法律效力的根本否定，这种否定不受时间的限制。

综上所述，民间借贷合同被认定为无效后，不适用诉讼时效抗辩。如果合同被认定为无效，当事人可以随时主张合同无效所带来的法律后果，如返还财产、赔偿损失等，而不受诉讼时效的限制。