法院认定的无效借款合同不受诉讼时效规定限制。以下从多个角度为您详细分析：
一、合同无效的本质与诉讼时效的不适用性
合同无效的本质：
- 合同无效是指合同因违反法律、行政法规的强制性规定、损害国家利益、违背公序良俗等情形，自始、当然、确定地不具有法律效力。这种无效状态是客观的，与时间无关，不会因时间的推移而改变。
- 例如，一份以合法形式掩盖非法目的的借款合同，无论合同签订后经过了多少年，只要该非法目的被发现，就可以随时确认合同无效。因为该合同的本质就是违法的，不能因为时间的流逝而使其合法化。
诉讼时效的适用范围：
- 诉讼时效主要适用于债权请求权，即权利人基于债的关系请求相对人作出特定行为的权利。其目的在于督促权利人及时行使权利，以维护既定的法律秩序和交易安全。
- 由于合同无效时双方并无债权债务关系，因此诉讼时效在此并不适用。确认合同无效是对合同效力的根本性判定，而非对某种权利的保护或救济。
二、法律依据
《民法典》相关规定：
- 《中华人民共和国民法典》第一百五十三条规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。
- 《中华人民共和国民法典》第一百五十四条规定，行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。
- 这些关于合同无效情形的规定，并没有提及合同无效确认受诉讼时效限制。相反，它们明确规定了合同无效的情形，这些情形是对合同效力的直接否定，与时间无关。
诉讼时效制度的设立目的：
- 《民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效主要适用于请求权，是为了促使权利人及时行使权利，避免法律关系长期处于不稳定状态。
- 确认合同无效并非请求权，而是对合同效力的客观判断，因此不受诉讼时效制度的规制。
三、实践意义
维护法律秩序和公共利益：
- 如果合同无效确认受诉讼时效约束，可能会导致一些违法合同在时效过后得到变相认可，这将严重破坏法律的权威性和严肃性，损害社会公共利益。
- 例如，在一些涉及欺诈、胁迫签订的借款合同中，如果允许受欺诈方在一定时间后不能再主张合同无效，那么欺诈方的违法行为就可能得不到应有的制裁，市场秩序将受到严重影响。
保障交易安全和稳定：
- 不受诉讼时效限制的合同无效确认制度，能够确保市场交易中的违法行为始终受到法律的监督和制约。一旦发现合同存在无效情形，相关当事人可以及时采取措施，纠正错误的交易行为，防止损失进一步扩大，从而保障整个市场的交易安全和稳定。
促进公平正义的实现：
- 在一些复杂的合同纠纷中，可能由于各种原因，当事人在较长时间内才发现合同存在无效情形。如果不允许其在发现后进行确认，将会使当事人的合法权益无法得到保护，有违公平正义的原则。
- 例如，在一些长期的投资合作合同中，一方可能在多年后才发现对方存在欺诈行为导致合同无效，此时如果能够确认合同无效，就可以恢复双方的权利义务关系，实现公平正义。
四、特殊情况下的时效约束
尽管主张合同无效本身不受诉讼时效限制，但基于合同无效产生的某些请求权，如返还财产、赔偿损失等，可能会受到诉讼时效的约束。这是因为这些请求权是基于合同无效后产生的新的法律关系而产生的，属于债权请求权的范畴。例如：
- 返还财产的请求权：当借款合同被确认无效后，一方要求另一方返还因合同取得的财产，若一方在知道或应当知道其权利受到侵害之日起，未在法定的诉讼时效期间内行使该请求权，可能会面临对方提出的时效抗辩。
- 损害赔偿的请求权：同样地，如果借款合同无效导致一方当事人遭受损失，并产生了损害赔偿请求权，这部分请求权也会受到诉讼时效的限制。若受害方未在诉讼时效期间内提起诉讼，可能会丧失获得赔偿的权利。
总结：法院认定的无效借款合同不受诉讼时效规定限制，这是由合同无效的本质、诉讼时效的适用范围、法律依据以及实践意义所决定的。然而，需要注意的是，虽然合同无效本身不受时效约束，但基于合同无效产生的相关请求权可能会受到诉讼时效的限制。因此，在实际操作中，当事人在发现合同存在无效情形时，应及时采取措施保护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请随时向我咨询。