公司考勤自动抹除不足半个小时部分的加班时间，这一做法通常是不合理的，且可能违反相关法律法规。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
法律法规角度
加班时间的认定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班是指劳动者在正常工作时间之外，继续从事本职工作或与本职工作相关的活动。对于加班时间的认定，应当以实际工作时间为准，而非以公司单方面设定的“半小时为最小单位”等规则为准。
- 如果公司考勤制度中规定“不足半个小时部分的加班时间不予计算”，这实际上是对劳动者加班时间的剥夺，违反了加班时间认定的基本原则。
加班工资的支付：
- 根据《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：…（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。对于工作日和休息日加班，也有相应的加班工资支付标准。
- 如果公司抹除不足半个小时的加班时间，就可能导致劳动者无法获得应得的加班工资，从而侵犯了劳动者的合法权益。
实际操作角度
考勤制度的合理性：
- 考勤制度应当公平、合理，且符合法律法规的规定。公司单方面设定“不足半个小时部分的加班时间不予计算”的规则，可能缺乏合理性和公平性，容易引发劳动争议。
- 一个合理的考勤制度应当能够准确反映劳动者的实际工作时间，并据此计算加班工资。
劳动者的权益保护：
- 劳动者有权获得与其实际工作时间相符的劳动报酬，包括加班工资。公司抹除不足半个小时的加班时间，实际上是在剥夺劳动者的这一权益。
- 劳动者在遇到此类情况时，有权向公司提出异议，并要求公司按照实际工作时间计算加班工资。
建议与措施
与公司协商：
- 如果劳动者发现公司考勤制度中存在不合理之处，如抹除不足半个小时的加班时间，可以首先与公司进行协商，要求公司修改考勤制度，并按照实际工作时间计算加班工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对公司进行调查，并依法处理公司的违法行为。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不能满足劳动者的诉求，劳动者还可以申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来看，公司考勤自动抹除不足半个小时部分的加班时间是不合理的，且可能违反相关法律法规。劳动者在遇到此类情况时，应当积极维护自己的合法权益，通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等途径来解决问题。如果你有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。