事业单位可以以超过诉讼时效为理由拒绝付款，但这一抗辩权的行使需满足一定条件，且并非绝对有效。以下从不同角度进行详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利，即丧失请求法院依法保护其民事权利的法律制度。对于一般的债权请求权，诉讼时效期间通常为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。若超过诉讼时效期间，权利人向法院提起诉讼的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。
二、事业单位作为债务人的抗辩权
抗辩权的行使：
- 事业单位作为债务人，在债权人（如供应商、服务商等）提起的付款请求诉讼中，若发现该请求已超过诉讼时效期间，有权提出不履行付款义务的抗辩。
- 抗辩权的行使是合法的，且一旦提出，若债权人无法证明诉讼时效存在中止、中断或延长的情形，法院将可能驳回债权人的诉讼请求。
抗辩权的限制：
- 诉讼时效的抗辩并非绝对有效。若债务人（事业单位）在诉讼时效期间内已明确表示同意履行付款义务，或已实际履行部分付款义务，则不得再以诉讼时效期间届满为由抗辩。
- 此外，若债权人能证明诉讼时效存在中止（如因不可抗力或其他障碍不能行使请求权）、中断（如债权人向债务人提出履行请求、债务人同意履行义务等）或延长（如法律特别规定）的情形，则诉讼时效期间将重新计算或延长，债务人不得再以此为由抗辩。
三、实际案例与法律建议
实际案例：
- 假设某供应商与事业单位签订了一份采购合同，约定事业单位应在收到货物后30日内付款。但事业单位未按时付款，且供应商在三年后才提起诉讼。此时，若事业单位能证明该请求已超过诉讼时效期间，且无法定中止、中断或延长的情形，则法院可能驳回供应商的诉讼请求。
法律建议：
- 对于债权人而言，应及时行使权利，避免超过诉讼时效期间。若发现已接近或超过诉讼时效期间，应尽快采取措施（如向债务人发出催款通知、要求债务人确认债务等）以中断诉讼时效。
- 对于债务人（事业单位）而言，若发现债权人的请求已超过诉讼时效期间，且无法定中止、中断或延长的情形，可以行使抗辩权拒绝付款。但同时，也应考虑商业信誉和长期合作关系，谨慎行使抗辩权。
四、特殊情况下的处理
- 在某些特殊情况下，如涉及国家利益、社会公共利益或第三人利益的合同，即使超过诉讼时效期间，法院也可能根据具体情况判决债务人履行付款义务。但这种情况较为罕见，且需满足严格的法律条件。
总结与建议：事业单位可以以超过诉讼时效为理由拒绝付款，但这一抗辩权的行使需满足一定条件。在实际操作中，建议债权人和债务人均应谨慎处理诉讼时效问题，避免因超过诉讼时效期间而丧失权利或承担不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。