有烟草证但运输香烟价值未超过五万元，可能面临的后果主要取决于运输行为的具体性质和相关情节。以下是从不同角度进行的分析：
一、合法运输情况
如果持有有效的烟草专卖品准运证，并且按照准运证规定的数量、路线和期限进行运输，那么即使运输的香烟价值未超过五万元，也是合法的行为，不会面临任何法律后果。
二、非法运输情况
无准运证运输：
- 根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，无烟草专卖品准运证运输烟草专卖品的，由烟草专卖行政主管部门处以罚款。具体罚款金额为违法运输的烟草专卖品价值的20%至50%。
- 同时，烟草专卖行政主管部门还有权没收违法所得，并可以按照查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的上年度烟叶平均收购价格的70%收购违法运输的烟叶，以及按照市场批发价格的70%收购违法运输的除烟叶外的其他烟草专卖品。
超限量运输：
- 即使持有烟草专卖品准运证，但如果超过准运证规定的数量进行运输，同样属于违法行为，将面临与无准运证运输相同的处罚。
情节严重情况：
- 尽管运输的香烟价值未超过五万元，但如果存在多次违法、抗拒检查、利用伪装或特种车辆逃避检查等严重情节，烟草专卖行政主管部门可能会根据具体情况从重处罚，甚至可能触犯非法经营罪，面临刑事责任的追究。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营罪情节严重的可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。
三、特殊情形下的处理
- 情节轻微：如果违法运输的烟草专卖品价值未超过五万元，且当事人主动配合调查、认错态度良好，烟草专卖行政主管部门可能会根据具体情况从轻、减轻处罚，如降低罚款金额等。
法律建议
- 严格遵守法律法规：在运输烟草专卖品时，务必确保持有有效的烟草专卖品准运证，并按照准运证规定的数量、路线和期限进行运输。
- 主动配合调查：如果因故被烟草专卖行政主管部门查处，应主动配合调查，如实说明情况，争取从轻、减轻处罚。
- 寻求法律帮助：如果对处罚结果有异议或面临刑事责任追究，应及时寻求专业律师的法律帮助，以维护自己的合法权益。
最后需要强调的是，烟草专卖品的运输和管理受到严格的法律法规约束，任何违法行为都可能面临严重的法律后果。因此，建议公众严格遵守相关法律法规，避免违法运输烟草专卖品。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。