您好，关于您提出的“有烟草证运输超5万是否可以立案”的问题，这主要涉及到非法经营烟草专卖品的法律判定。
首先，需要明确的是，即便持有烟草证，但在运输过程中如果存在非法经营的行为，且达到一定的数额标准，是可能构成犯罪并被立案的。根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理非法生产、销售烟草专卖品等刑事案件具体应用法律若干问题的解释》中的相关规定，我们可以进行以下分析：
非法经营的定义：该解释明确指出，违反国家烟草专卖管理法律法规，未经烟草专卖行政主管部门许可，无相关许可证明而非法经营烟草专卖品，且情节严重的，将依照刑法第二百二十五条的规定，以非法经营罪定罪处罚。
数额标准：对于非法经营烟草专卖品，如果非法经营数额在五万元以上，或者违法所得数额在二万元以上，应当认定为刑法第二百二十五条规定的“情节严重”。这意味着，如果您的运输行为被认定为非法经营，并且数额超过五万元，那么就有可能构成犯罪并被立案。
特殊情况：需要注意的是，如果持有烟草证但在运输过程中存在其他违法行为（如超量运输、未经许可运输到非指定区域等），也可能被视为非法经营的一部分。此外，如果运输的烟草专卖品是伪劣产品，那么还将可能涉及生产、销售伪劣产品罪等其他罪名。
立案与定罪：立案是刑事诉讼的开始阶段，它并不意味着已经定罪。立案后，公安机关将进行调查取证，如果证据充分且符合犯罪构成要件，才会将案件移送检察机关审查起诉，最终由法院进行定罪判决。
综上所述，即便持有烟草证，如果运输过程中存在非法经营行为且数额超过五万元，是有可能构成犯罪并被立案的。因此，建议您在运输烟草专卖品时严格遵守相关法律法规和规定，确保合法合规经营。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或相关法律机构。