结论：有烟草证但经营烟草超过5万元是否会判刑，需结合具体经营行为判断。若属于合法经营，则不会判刑；若存在违规经营或非法经营行为，且情节严重，则可能面临刑事处罚。以下从不同角度详细分析：

一、合法经营情形

若持有有效的烟草专卖零售许可证，且严格按照许可证规定的范围、方式、地域等经营烟草，即使经营金额超过5万元，也属于合法经营行为，不会构成犯罪，更不会判刑。例如，某便利店持有烟草专卖零售许可证，每月从烟草公司合法进货，并在店内销售，即使月销售额超过5万元，也无需担心刑事责任。

二、违规经营情形

若持有烟草专卖零售许可证，但存在超范围、跨区域销售等违规行为，虽不构成典型的非法经营罪，但仍可能违反烟草专卖法规，受到行政处罚，如罚款、吊销许可证等。若因违规经营导致市场秩序严重混乱或造成重大损失，司法机关可能依据其他罪名（如扰乱市场秩序罪）追究刑事责任，但这种情况较为罕见。

举例：某烟草零售商持有烟草专卖零售许可证，但未经许可将烟草销售至其他地区，被烟草专卖行政主管部门查处后，可能面临罚款、暂停营业等行政处罚。若其行为导致当地烟草市场价格大幅波动，造成严重社会影响，司法机关可能介入调查，但一般不会直接以非法经营罪定罪处罚。

三、非法经营情形

若未取得烟草专卖许可证而经营烟草，且经营金额超过5万元，则属于非法经营行为，可能构成非法经营罪，面临刑事处罚。根据《中华人民共和国刑法》第二百二十五条及相关司法解释，非法经营烟草专卖品，情节严重的（如非法经营数额在5万元以上），处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。

举例：张某未取得烟草专卖零售许可证，从非法渠道购进大量卷烟并在市场上销售，涉案金额达10万元。张某的行为构成非法经营罪，法院可能判处其有期徒刑一年，并处罚金2万元。

四、量刑因素

在非法经营烟草案件中，具体的判决结果会受到多种因素的影响，包括但不限于：

• 犯罪情节：如非法经营数额、违法所得数额、销售数量等；
• 认罪态度：是否如实供述犯罪事实、是否积极退赃退赔等；
• 前科情况：是否有犯罪前科、是否受过行政处罚等；
• 社会影响：是否造成恶劣社会影响、是否引发群体性事件等。

五、建议

1. 合法经营：务必取得烟草专卖许可证，并严格按照许可证规定的范围、方式、地域等经营烟草，避免违规行为。
2. 及时咨询：若对烟草经营行为是否合法存在疑问，或面临相关法律纠纷，可直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。
3. 保留证据：在经营过程中，务必保留好进货凭证、销售记录等相关证据，以便在面临法律纠纷时维护自己的合法权益。