持有烟草证运输烟草价值超过五万元，可能面临以下法律后果：
行政处罚：
- 罚款：根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，对于无烟草专卖品准运证或超过准运证规定数量托运、自运烟草专卖品的行为，烟草专卖行政主管部门将依法进行处罚。罚款金额通常为违法运输的烟草专卖品价值的20%至50%。若运输烟草价值超过五万元，罚款金额将相应增加，具体数额由烟草专卖行政主管部门根据违法情节确定。
- 没收违法所得：烟草专卖行政主管部门有权没收因违法运输烟草专卖品所获得的收入，以此剥夺违法行为人的经济利益。
- 收购烟草专卖品：烟草专卖行政主管部门可以按照查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的上年度烟叶平均收购价格的70%收购违法运输的烟叶，以及按照市场批发价格的70%收购违法运输的除烟叶外的其他烟草专卖品。
情节严重时的刑事责任：
- 若运输烟草价值超过五万元，且存在其他严重情节（如多次非法经营、造成恶劣影响、非法运输走私烟草专卖品、利用伪装或特种车辆逃避检查等），可能触犯非法经营罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营罪情节严重的，可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
法律建议：
- 严格遵守烟草专卖法律法规：持有烟草证并不意味着可以随意运输烟草专卖品。必须严格按照烟草专卖行政主管部门的规定进行运输，确保运输数量、路线等符合法律法规要求。
- 主动配合调查：若因运输烟草专卖品被烟草专卖行政主管部门查处，应主动配合调查，如实说明情况，提供相关证据材料。这有助于减轻处罚或避免不必要的法律后果。
- 寻求专业法律帮助：若对处罚决定有异议或面临刑事责任追究，应及时寻求专业律师的帮助。律师将根据具体情况提供法律咨询、代理申诉或辩护等服务，维护当事人的合法权益。
示例说明：
假设某持证烟草零售商因业务需求，需从外地运输一批价值六万元的烟草专卖品回本地销售。若该零售商未按照烟草专卖行政主管部门的规定办理准运证或超过准运证规定数量运输，一旦被查获，将面临上述行政处罚。若该零售商还存在多次非法经营、造成恶劣影响等严重情节，还可能触犯非法经营罪，面临刑事责任追究。
因此，持有烟草证运输烟草专卖品时，务必严格遵守相关法律法规，确保运输行为的合法性。如有任何疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。