针对您提出的“运输烟被查不超过5万怎么处理”的问题，以下是我根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例的相关规定，为您提供的详细解答：

一、行政处罚措施

当运输的烟草专卖品价值未超过5万元时，烟草专卖行政主管部门将依法对违法行为人进行处罚，具体措施包括：

1. 罚款：根据违法情节的轻重，罚款金额通常为违法运输的烟草专卖品价值的20%至50%。这一处罚措施旨在体现法律的威严，并确保处罚的灵活性，以适应不同违法行为的实际情况。

2. 没收违法所得：烟草专卖行政主管部门有权没收因违法运输烟草专卖品所获得的全部收入，以此剥夺违法行为人的经济利益，防止其从违法行为中获利。

3. 收购烟草专卖品：作为一种替代性处罚措施，烟草专卖行政主管部门可以按照查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的上年度烟叶平均收购价格的70%收购违法运输的烟叶，以及按照市场批发价格的70%收购违法运输的除烟叶外的其他烟草专卖品。这一措施旨在减少浪费，并促使违法者承担一定的经济后果。

二、特殊情形下的处理

1. 情节轻微：如果违法运输的烟草专卖品价值未超过5万元，且当事人能够主动配合调查、认错态度良好，烟草专卖行政主管部门可能会根据具体情况从轻或减轻处罚，例如降低罚款金额等。

2. 情节严重：尽管运输烟草的价值未超过5万元，但如果存在多次违法、抗拒检查或其他严重情节（如非法运输走私烟草专卖品、利用伪装或特种车辆逃避检查等），处罚将更加严厉。这可能包括更高的罚款、没收违法运输的烟草专卖品，甚至可能追究刑事责任。

3. 超限量邮寄或异地携带：个人邮寄、异地携带烟叶、烟草制品超过国务院有关部门规定的限量一倍以上的，也将依法受到处罚。具体来说，个人在境内携带烟草制品的限量为国产烟10条、进口烟5条。超量携带者可能面临没收或罚款等处罚。

三、刑事责任提示

需要特别注意的是，即使运输烟草的价值未超过5万元，但如果存在其他严重情节（如多次非法经营、造成恶劣影响等），可能触犯非法经营罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营罪情节严重的可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。

四、建议与总结

为了避免不必要的法律后果，我建议您严格遵守烟草专卖法律法规，不要违法运输烟草专卖品。如果您确实需要运输烟草制品，请务必办理相关的准运证件，并确保运输数量在合法范围内。

综上所述，运输烟草且价值未超过5万元的处罚措施涵盖了罚款、没收违法所得、收购烟草专卖品等多种行政处罚方式，特定情形下还可能面临刑事责任的追究。希望我的解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。