关于运输烟草超过5万元的处罚问题，这确实是一个涉及法律严肃性的重要议题。以下是我根据相关法律法规，为您提供的详细解答：

一、行政处罚层面

1. 罚款与没收：

   • 根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，对于无烟草专卖品准运证或超过准运证规定数量托运、自运烟草专卖品，且价值超过5万元的行为，烟草专卖行政主管部门将依法进行严厉处罚。
   • 处罚措施通常包括罚款，罚款金额为违法运输的烟草专卖品价值的20%至50%，具体比例根据违法情节的严重程度来确定。
   • 同时，烟草专卖行政主管部门还有权没收违法运输的烟草专卖品以及因违法运输所获得的违法所得。

2. 特殊情形下的加重处罚：

   • 如果运输过程中存在多次违法、抗拒检查、非法运输走私烟草专卖品、利用伪装或特种车辆逃避检查等严重情节，处罚将更加严厉。
   • 在这些情况下，除了罚款和没收外，还可能面临更严重的法律后果，如吊销烟草专卖零售许可证等。

二、刑事责任层面

1. 非法经营罪：

   • 运输烟草超过5万元，若同时满足非法经营罪的其他构成要件（如未经许可、情节严重等），则可能触犯非法经营罪。
   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营罪情节严重的可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。

2. 走私普通货物、物品罪：

   • 如果运输的烟草属于走私货物，即未经海关许可且未补缴应缴税额，擅自将烟草进口或出口，则可能构成走私普通货物、物品罪。
   • 根据偷逃应缴税额的大小和情节的严重程度，走私罪将面临不同程度的刑事处罚，包括有期徒刑、无期徒刑以及罚金或没收财产等。

三、建议与结论

• 严格遵守法律法规：运输烟草必须严格遵守国家烟草专卖法律法规，确保具备合法的运输手续和准运证。
• 增强法律意识：相关从业人员应增强法律意识，了解并遵守烟草运输的相关规定，避免因违法运输而面临严重的法律后果。
• 及时咨询与求助：如果您在烟草运输过程中遇到任何法律问题或疑虑，建议及时咨询专业的法律人士或烟草专卖行政主管部门，以获取准确的法律指导和帮助。

综上所述，运输烟草超过5万元将面临严厉的行政处罚和可能的刑事责任追究。因此，我强烈建议您严格遵守相关法律法规，确保合法合规地进行烟草运输活动。