核心结论：若用人单位在十六年里法定节假日均未按3倍工资标准支付，而仅支付两倍工资，劳动者有权通过法律途径追溯差额部分工资，但需注意时效限制及证据收集。以下是具体分析：

1. 法律依据与权利基础

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条第三项规定，法定节假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。若用人单位仅支付两倍工资，则违反了法定标准，劳动者有权要求补足差额部分（即额外100%的工资）。

2. 追溯时效的限制

• 一般时效：根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
• 特殊情形：若劳动者能证明用人单位存在持续违法行为（如十六年间每年均未足额支付），且该行为处于连续状态，则时效可能从最后一次违法行为终止之日起计算（即最近一次法定节假日未足额支付时）。但实践中，部分地区法院可能对“连续状态”的认定存在差异，需结合具体证据判断。

3. 追溯方式与步骤

• 协商解决：首先可与用人单位协商，要求补发差额工资并签订书面协议。
• 劳动仲裁：若协商无果，需在时效期内向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提交证据（如工资条、考勤记录、劳动合同等）证明用人单位未足额支付法定节假日工资。
• 诉讼途径：对仲裁结果不服的，可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。

4. 证据收集的关键点

• 工资支付记录：证明用人单位实际支付的工资数额（如银行流水、工资条）。
• 考勤记录：证明劳动者在法定节假日实际工作（如打卡记录、加班审批单）。
• 劳动合同或规章制度：证明双方约定的工资标准及加班费计算方式。
• 沟通记录：如与用人单位协商补发工资的邮件、聊天记录等。

5. 风险提示

• 时效风险：若超过仲裁时效，劳动者可能丧失胜诉权，除非能证明存在时效中断或中止的情形（如向用人单位主张权利、向有关部门请求权利救济等）。
• 证据不足风险：若无法提供充分证据证明用人单位未足额支付，可能面临败诉后果。

6. 建议行动

• 尽快行动：若发现用人单位长期未足额支付法定节假日工资，建议立即收集证据并咨询律师，避免时效经过。
• 分批主张：若十六年间的差额较大，可考虑分批主张权利（如先主张最近三年的差额），以降低诉讼风险。

总结：劳动者有权要求用人单位补足十六年间法定节假日未支付的差额工资，但需在时效期内通过劳动仲裁或诉讼途径主张权利，并充分收集证据。如有具体问题或需要进一步协助，可直接向我咨询。