未进行公开招投标程序，一般不可通过补签特许经营协议的方式来“补正”或规避该程序的缺失。以下从不同角度对此问题进行分析：

法律程序与合规性角度

1. 公开招投标程序的法定性：

   • 在许多国家和地区，对于涉及公共利益、公共资源分配或大型基础设施建设的项目，公开招投标程序是法定的。这一程序旨在确保公平竞争、透明度和防止腐败。
   • 如果项目本应通过公开招投标程序进行，但未进行，那么这一程序缺失本身就是不合规的。补签特许经营协议并不能改变这一事实，也不能使原本不合规的程序变得合规。

2. 补签协议的法律效力：

   • 补签的特许经营协议，如果其内容涉及本应通过公开招投标程序确定的事项（如项目承建方、合同条款等），则可能因违反法定程序而面临被宣告无效的风险。
   • 即使协议双方自愿补签，且协议内容本身不违法，但由于其绕过了法定的公开招投标程序，该协议仍可能因程序瑕疵而受到挑战。

实际操作与风险角度

1. 后续纠纷风险：

   • 未进行公开招投标程序而补签特许经营协议，可能引发后续纠纷。例如，其他潜在投标人可能认为其权益受到侵害，从而提起诉讼或仲裁。
   • 此外，如果项目在执行过程中出现问题，如质量不达标、超支等，补签协议的行为可能成为追究责任时的焦点。

2. 行政处罚与信誉损失：

   • 违反公开招投标程序的行为可能面临行政处罚，如罚款、责令改正等。
   • 同时，这种行为也可能对相关方的信誉造成损害，影响其未来参与类似项目的机会。

合法补救措施建议

• 如果项目确实需要特许经营，且原本应通过公开招投标程序进行，但因故未进行，正确的做法应该是重新启动公开招投标程序，而不是通过补签协议来规避。
• 如果项目已经以其他方式（如直接谈判、邀请招标等）确定了承建方，且这些方式在特定情况下是合法的（如紧急情况、特殊项目等），那么应确保这些方式的合法性和合规性，并考虑是否需要补签协议来明确双方权利和义务。但这种情况下，补签协议并不是为了“补正”公开招投标程序的缺失，而是为了明确已经存在的法律关系。

总结与建议：未进行公开招投标程序而试图通过补签特许经营协议来规避或“补正”是不合法的，也是存在风险的。如果面临类似情况，建议咨询专业律师，了解具体的法律程序和合规要求，并采取合法的补救措施。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。