没通过公开招标流程与行政单位签订的协议，其有效性需分情况讨论，具体如下：

1. 如果协议内容属于必须公开招标的范围：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，对于使用国有资金投资或者国家融资的项目，以及关系社会公共利益、公众安全的基础设施项目和公用事业项目等，必须进行公开招标。
   • 如果未通过公开招标流程而直接与行政单位签订了协议，该协议可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。这是因为公开招标流程是确保公平竞争、防止腐败和保障公共利益的重要手段，绕过这一流程签订的协议可能损害公共利益或第三方权益。

2. 如果协议内容不属于必须公开招标的范围：

   • 对于不属于必须公开招标的项目，行政单位与另一方签订协议时，虽然不强制要求通过公开招标流程，但仍需遵循其他相关法律法规，如《中华人民共和国政府采购法》（若涉及政府采购）等，确保协议的签订过程合法、合规。
   • 在这种情况下，如果协议签订过程没有违反其他法律法规，且双方意思表示真实、协议内容合法，那么该协议通常是有效的。

3. 特殊情况下的协议效力：

   • 即使协议内容属于必须公开招标的范围，但在某些特殊情况下，如因不可抗力、紧急情况等无法进行公开招标时，行政单位可能通过其他合法方式（如邀请招标、竞争性谈判等）选择合作方，并签订协议。这种情况下，协议的效力需根据具体法律法规和实际情况进行判断。
   • 另外，如果行政单位在签订协议后，通过补办公开招标手续等方式对协议进行合法化处理，且该处理方式符合相关法律法规的规定，那么协议的效力也可能得到确认。

法律建议：

• 对于涉及必须公开招标的项目，建议严格按照法律法规的要求进行公开招标流程，以确保协议的合法性和有效性。
• 在签订协议前，应仔细审查协议内容是否属于必须公开招标的范围，并咨询专业律师或相关部门的意见，以避免因违反法律法规而导致协议无效或产生其他法律风险。
• 如果已经签订了未通过公开招标流程的协议，且该协议可能涉及违法违规情况，建议及时与行政单位沟通协商，寻求合法合规的解决方案，如补办招标手续、重新签订协议等。

可能后果：

• 如果协议被认定为无效，双方可能需承担返还财产、赔偿损失等民事责任。
• 行政单位及相关责任人员还可能因违反法律法规而面临行政处罚或纪律处分等后果。

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