在招投标项目履行过程中，若交付产品部分不合格，双方是可以签订补充协议的，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、法律允许性
《民法典》相关规定：
- 根据《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
- 在招投标项目中，若交付的产品部分不合格，这通常意味着原合同中的质量条款未能得到完全履行。此时，双方可以通过签订补充协议来明确不合格产品的处理方式、补救措施、责任承担等，以确保合同的继续履行和项目的顺利进行。
招投标法的灵活性：
- 招投标法并未禁止在项目履行过程中因特殊情况（如产品部分不合格）而签订补充协议。只要补充协议的内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、社会公共利益或他人合法权益，且双方意思表示真实，补充协议即具有法律效力。
二、签订补充协议的条件
双方协商一致：
- 签订补充协议的前提是双方就不合格产品的处理方式等事项达成一致意见。这要求双方进行充分沟通，明确各自的权利和义务，以及补救措施和责任承担等。
不违反法律法规和招投标文件：
- 补充协议的内容必须合法合规，不得违反相关法律法规的强制性规定。同时，补充协议也不得违背招投标文件中的实质性条款，如价格、质量标准、交货期限等。若补充协议与招投标文件存在冲突，应以招投标文件为准。
确保公平合理：
- 补充协议应确保双方的权利义务平衡，避免一方利用优势地位损害另一方的利益。在处理不合格产品时，应充分考虑补救措施的可行性、成本以及责任承担等，确保补充协议公平合理。
三、签订补充协议的建议
明确不合格产品的范围和处理方式：
- 在补充协议中，应详细列明不合格产品的具体范围、数量、规格等，并明确处理方式，如退货、换货、修理、降价等。同时，应约定处理期限和责任承担等事项。
约定违约责任和争议解决方式：
- 为确保补充协议的履行，双方应约定违约责任和争议解决方式。如一方未按照补充协议履行义务，应承担相应的违约责任；若双方发生争议，应通过友好协商、仲裁或诉讼等方式解决。
保留相关证据：
- 在签订补充协议前，双方应保留好与不合格产品相关的证据，如检验报告、照片、视频等。这些证据将有助于在后续履行补充协议或处理争议时证明各自的主张。
总结来说，在招投标项目履行过程中，若交付产品部分不合格，双方是可以签订补充协议的。但需确保补充协议的内容合法合规、双方协商一致、不违反招投标文件，并明确不合格产品的处理方式、违约责任和争议解决方式等。若你在实际操作中遇到任何问题，可直接向我咨询，我会结合你的具体情况提供更详细的法律建议。