针对您提出的“总包已按合同工程款给分包商，分包商亏损，工人工资怎么办”的问题，这是一个涉及工程款支付、分包商财务状况以及农民工工资保障的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，总包方按照合同约定支付了工程款给分包商，这是总包方履行合同义务的表现。然而，分包商因自身经营问题导致亏损，这并不改变总包方已履行付款义务的事实。

当分包商无法支付工人工资时，农民工的权益应得到优先保障。根据国务院《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，农民工工资具有优先受偿权。这意味着，在分包商财务状况恶化、无法支付工资的情况下，应采取措施确保农民工工资得到及时支付。

具体操作上，可以参考以下步骤：

1. 启动农民工工资执行“绿色通道”：

   • 农民工或相关方可以向当地法院申请启动农民工工资执行“绿色通道”，这是为了加快处理涉及农民工工资的案件，确保工资及时支付。

2. 法院介入与协调：

   • 法院会依法向分包商发出执行通知书、报告财产令等，要求其履行支付工资的义务。
   • 若分包商名下资产已被冻结或资不抵债，法院会通过查询关联案件、发送参与分配函等方式，协调各方力量，确保农民工工资得到优先支付。

3. 总包方或相关方代为支付：

   • 在分包商无法支付工资的情况下，法院可以联合相关部门（如社保局）向总包方发函，要求其根据相关法律法规，先行清偿农民工工资。
   • 总包方在代为支付后，可以依法向分包商追偿。

4. 法律追偿与后续处理：

   • 分包商应承担因其亏损而无法支付工资的法律责任。总包方在代为支付工资后，有权通过法律途径向分包商追偿。
   • 同时，相关部门应对分包商的经营行为进行监管，防止类似情况再次发生。

以您提供的参考信息为例，王某某与甲公司（分包方）的建设工程分包合同纠纷一案中，甲公司因负债累累无法支付农民工工资。法院经查询发现甲公司名下资产已被冻结，资不抵债。随后，法院联合社保局向乙公司（总包方）发函，要求其根据相关法律法规先行清偿农民工工资。乙公司代为支付了相关款项后，该案得以执结。

综上所述，当总包方已按合同支付工程款给分包商，而分包商因亏损无法支付工人工资时，应通过法律途径确保农民工工资得到优先支付。总包方或相关方在代为支付后，可以依法向分包商追偿。同时，相关部门应加强对分包商的监管，防止类似情况再次发生。