结论：工伤后两个月员工表示以后都不来上班了，公司是否继续发放停薪留职工资，需根据具体情况判断，若仍在停工留薪期内且员工有合理医疗证明，公司应继续发放；若超出停工留薪期且员工无正当理由不上班，公司有权停止发放。以下从不同角度进行分析：
一、停工留薪期内的工资支付
法律规定：根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤职工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这一规定旨在保障工伤职工在治疗和恢复期间能够维持正常的生活水平。
停工留薪期的确定：停工留薪期通常依据医疗机构出具的诊断证明来确定。如果员工在工伤后两个月内仍处于停工留薪期内，并且有医疗机构出具的诊断证明作为依据，那么公司应当继续支付其停工留薪期工资。
二、超出停工留薪期后的工资支付
无正当理由不上班：如果员工在停工留薪期满后，无正当理由不上班，并且未向公司提供相关的医疗证明或其他合理理由，那么公司有权停止支付其停工留薪期工资。这是因为停工留薪期的设立是为了保障工伤职工在治疗和恢复期间的基本生活和收入，而非提供无限期的休假。
特殊情况处理：如果员工因工伤导致身体不适，无法按时到岗，但及时与单位沟通并提供相关医疗证明，那么公司应当根据实际情况考虑是否继续支付工资或提供其他形式的帮助。然而，如果员工未及时与单位沟通或提供医疗证明，公司可能按照旷工等情况进行处理，并停止支付工资。
三、实际操作建议
核实停工留薪期：公司应当首先核实员工的停工留薪期是否已满。这可以通过查阅医疗机构出具的诊断证明或相关法律法规来确定。
与员工沟通：如果员工的停工留薪期已满但未回单位上班，公司应当及时与员工沟通，了解其未上班的原因，并要求其提供相关的医疗证明或其他合理理由。
依法处理：根据沟通结果和员工提供的证明材料，公司应当依法决定是否继续支付工资。如果员工无正当理由不上班且未提供医疗证明，公司有权停止支付工资，并按照公司规章制度或相关法律法规进行处理。
举例说明：假设某员工在工作中受伤，经认定为工伤，医疗机构出具的诊断证明确定其停工留薪期为两个月。在停工留薪期内，公司按月支付了其原工资福利待遇。然而，两个月期满后，员工未回单位上班，也未向单位说明情况或提供新的医疗证明。在这种情况下，公司有权停止支付其工资，并按照旷工等情况进行处理。
最后建议：公司在处理此类问题时，应当遵循相关法律法规和公司规章制度，确保处理结果的合法性和合理性。如果员工对公司的处理结果有异议，可以通过法律途径维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。