公司不能通过社保缴纳的方式来直接支付员工的医药费。下面我将对此进行详细分析：

一. 社保缴纳与医药费支付的区别

1. 社保缴纳：社保缴纳是公司按照国家规定，为员工缴纳社会保险费用的行为，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等。这些费用是用于员工未来的社会保障，如退休后的养老金、医疗费用报销等。
2. 医药费支付：医药费支付是指员工因疾病或意外受伤产生的医疗费用，通常由员工个人支付或通过医疗保险进行报销。这部分费用与社保缴纳是分开计算的，不能混为一谈。

二. 相关法律法规

• 根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，社会保险费用是用于保障员工在特定情况下的社会保障权益，如养老保险用于退休后的生活保障，医疗保险用于医疗费用的报销等。这些费用有明确的用途和规定，不能随意挪作他用。

三. 实际操作中的合法性

• 如果公司试图通过社保缴纳的方式来支付员工的医药费，这不仅违反了社保费用的使用规定，也可能损害员工的合法权益。因为这样做可能会影响到员工未来的社保待遇，如养老金的发放、医疗费用的报销等。

综上所述，公司不能通过社保缴纳的方式来直接支付员工的医药费。如果公司有此类行为，员工可以向相关部门投诉或寻求法律援助。同时，我建议员工在面对此类问题时，要保留好相关证据，如工资单、社保缴纳记录等，以便在必要时维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。