单位补办工程证书时，新证书与老证书号码相同但日期不同，可能会造成后续使用和管理上的麻烦。以下是对此问题的详细分析：

一. 证书的有效期问题

1. 证书有效期的变更：如果新证书的有效期与老证书不一致，可能会导致使用单位在项目管理、资质审核等方面出现混淆。特别是在需要验证证书有效期的场合，如参与招投标、工程验收等，新证书的有效期可能会成为被质疑的点。

2. 影响项目进度：如果因为证书有效期问题导致项目审核不通过或延期，将直接影响项目的正常进行，给单位带来经济损失和声誉损害。

二. 证书的管理和使用问题

1. 证书的唯一性：通常情况下，证书号码应具有唯一性，用于区分不同的证书。如果新证书与老证书号码相同但日期不同，可能会在管理上造成混乱，难以准确追踪和识别证书的状态。

2. 法律责任风险：如果因证书管理不当导致项目出现问题，单位可能需要承担相应的法律责任。特别是在涉及工程质量、安全等关键领域时，证书的真实性和有效性将受到严格审查。

三. 建议措施

1. 重新申请新号码的证书：为避免后续麻烦，建议单位重新申请一个全新号码的证书，并确保新证书的所有信息与实际情况相符。

2. 加强证书管理：单位应建立完善的证书管理制度，对证书的申领、使用、保管和注销等环节进行规范管理。同时，定期对证书进行盘点和核查，确保证书的真实性和有效性。

3. 及时告知相关方：如果新证书已经发放并投入使用，单位应及时告知相关方（如合作伙伴、监管部门等）证书变更的情况，以避免因信息不对称而引发的问题。

综上所述，单位补办工程证书时，应确保新证书与老证书在号码、有效期等方面的一致性。如果出现不一致的情况，应及时采取措施进行纠正，以避免后续使用和管理上的麻烦。如有进一步需要，您可以继续咨询我。