核心前提：员工未出勤，两天后以公司拖欠工资为由进行举报。

结论与建议：

1. 核实员工出勤与工资发放情况
   首先，公司需立即核查该员工的考勤记录、工资发放凭证（如银行流水、工资条等），确认是否存在未支付工资的事实。

   • 若工资已足额发放，需保留相关证据（如转账记录、签字确认的工资表），以证明公司不存在拖欠行为。
     
   • 若确实存在未支付部分，需进一步核查原因（如财务流程延误、员工未提交报销材料等），并评估是否构成合法延迟支付。

2. 分析员工举报的合法性
   根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。但需注意：

   • “无故拖欠”的例外情形：如因自然灾害、战争等不可抗力，或生产经营困难、资金周转受阻（需经工会或职工代表同意），可暂缓支付工资，但需在约定时间内补发。
     
   • 员工未出勤的影响：若员工未提供劳动（如旷工、事假未获批等），公司有权按规章制度扣减相应工资。但需确保规章制度已通过民主程序制定并公示，否则可能被认定为违法。

3. 应对举报的步骤

   • 内部调查：与员工沟通，了解其举报的具体依据（如未收到工资、对工资计算有异议等），同时核查公司是否存在管理漏洞。
     
   • 书面回应：若举报不实，可向劳动监察部门提交书面说明及证据，澄清事实；若存在争议，可提议通过劳动仲裁或调解解决。
     
   • 法律风险防范：避免因情绪化回应或拖延处理导致矛盾升级，建议由HR或法务部门统一对接，确保程序合规。

4. 潜在法律后果

   • 若被认定拖欠工资，公司可能面临：
     
     • 补发工资及25%至100%的赔偿金（《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条）；
       
     • 劳动行政部门责令限期支付，逾期不付的加付赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）；
       
     • 员工以此为由解除劳动合同并主张经济补偿金（《劳动合同法》第三十八条、第四十六条）。
       
   • 若员工恶意举报，公司可保留追究其诬告责任的权利（需证据充分）。

行动建议：

• 立即整理考勤、工资发放记录等证据；
  
• 与员工沟通，了解其诉求及举报动机；
  
• 根据调查结果，选择协商、调解或仲裁途径解决争议；
  
• 完善公司工资支付及考勤管理制度，避免类似风险。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。