结论前置：公司与员工协议解除合同时，经济补偿的计算基数通常是按照解除劳动合同前12个月的平均工资来计算，这12个月包括病假月份，即按照实际发放的工资总额计算，而非仅按照生病前的平均工资。

法律依据与原理

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条及《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条的规定，经济补偿的计算基数是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这里的“平均工资”是指劳动者应得工资，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。病假期间获得的工资，作为劳动者因患病而缺勤期间的正常收入，同样属于应得工资的范畴，因此也应计入平均工资的计算中。

具体计算步骤与要点

1. 确定计算期间：明确为劳动合同解除前的连续12个月，这12个月包含正常工作月份以及病假月份。

2. 汇总工资收入：

   • 将这段期间内劳动者获得的所有工资性收入进行累加，具体包括基本工资、绩效工资、各种津贴和补贴。
   • 病假期间实际发放的工资也应计入总额，无论其是否低于正常工作时的工资水平。

3. 计算平均值：用上述汇总的工资总额除以12个月，得出解除劳动合同前12个月的平均工资。

计算公式： $\( \text{平均工资} = \frac{\text{解除劳动合同前12个月工资总额}}{\text{12}} \)$

特殊情况处理

• 病假工资低于正常标准：如果病假期间的工资是按照病假工资的相关规定计算且低于正常工资标准，那么在计算平均工资时，应以实际发放的病假工资为准。

• 入职不满12个月：若劳动者在用人单位工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。例如，工作8个月，则用8个月工资总额除以8。

• 工资波动较大：以实际发放的每月工资为准，无需剔除异常值（如某月高额奖金或低额病假工资）。

• 法律强制性规定：若计算出的平均工资低于当地最低工资标准，需按最低工资标准执行（部分地区有明确规定）。同时，用人单位不得通过不合理调整工资结构降低经济补偿基数。

实际意义与应用

正确计算劳动合同解除前12个月的平均工资，对于保障劳动者的经济补偿金等权益至关重要。它不仅能够较为准确地反映劳动者在解除合同前的实际收入水平，还能确保劳动者在离职后获得公正的经济补偿。因此，无论是用人单位还是劳动者，都应重视这一计算过程，确保计算结果的准确性和公正性。

示例说明

假设某员工在解除合同前12个月中，有3个月处于病假状态，且这3个月的病假工资低于正常工作时的工资水平。在计算平均工资时，应将这3个月的病假工资实际发放额计入工资总额，而非按照生病前的平均工资计算。最终，用12个月的工资总额除以12，得出解除劳动合同前12个月的平均工资。

总结：在计算公司与员工协议解除合同的经济补偿时，应按照解除劳动合同前12个月的平均工资来计算，这12个月包括病假月份。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。