结论前置：单位将自建房出租给本单位职工五年以上，涉及的法律问题主要围绕租赁合同效力、产权归属、租金合规性及职工权益保护等方面，需根据具体情况分析处理。以下是具体分析：

1. 租赁合同效力与期限问题

• 核心前提：单位与职工签订的租赁合同期限超过五年，需关注合同是否违反法律强制性规定。
• 分析：
  • 根据《民法典》第七百零五条，租赁期限不得超过二十年；超过二十年的，超过部分无效。因此，五年以上的租赁合同本身不违法，但需明确合同中是否约定自动续期或续租条件。
  • 若合同未约定续期条款，五年期满后，双方需重新协商租赁条件或终止合同。单位不得单方面强制职工续租或提高租金。
• 建议：
  • 检查合同条款，明确租赁期限、续租条件及租金调整机制。
  • 若合同存在模糊条款，建议补充协议或重新签订合同，避免纠纷。

2. 产权归属与合法性审查

• 核心前提：单位自建房需确保产权清晰，出租行为需符合规划及土地用途。
• 分析：
  • 单位自建房若未取得合法产权证明（如房产证），出租行为可能因无权处分而无效。
  • 若房屋土地性质为工业用地或集体用地，擅自改变用途用于住宅出租，可能违反《土地管理法》及城乡规划法规。
• 建议：
  • 核实房屋产权证明及土地用途，确保出租行为合法。
  • 若产权存在瑕疵，需先完成产权登记或用途变更手续，再行出租。

3. 租金合规性与职工权益保护

• 核心前提：单位作为出租方，需遵守租金管制政策及职工权益保护规定。
• 分析：
  • 若当地对公有住房租金有上限规定（如福利分房租金标准），单位不得擅自提高租金。
  • 长期租赁中，单位需保障职工的基本居住权益，不得以“腾退”等理由强制职工搬离，除非存在法定解除事由（如职工严重违约）。
• 建议：
  • 参考当地公有住房租金标准，确保租金合理。
  • 在合同中明确约定解除条件（如职工转岗、离职等），避免随意解除合同。

4. 税务与行政合规风险

• 核心前提：单位出租房屋需依法缴纳房产税、增值税等税费。
• 分析：
  • 根据《房产税暂行条例》，单位出租房产需按租金收入的12%缴纳房产税。
  • 若未申报纳税，可能面临税务机关处罚。
• 建议：
  • 定期申报并缴纳相关税费，保留完税凭证。
  • 咨询税务机关，了解是否有税收优惠政策（如单位自建房用于职工福利的减免政策）。

5. 特殊情形处理

• 核心前提：若单位破产、改制或房屋被征收，需提前规划租赁关系处理。
• 分析：
  • 单位破产时，租赁合同可能因主体灭失而终止，职工需依据《企业破产法》主张优先受偿权（如有）。
  • 房屋被征收时，职工有权依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》主张搬迁补偿。
• 建议：
  • 在合同中约定单位破产或房屋征收时的处理方案（如补偿标准、搬迁期限）。
  • 提前与职工沟通，避免因突发情况引发群体性纠纷。

总结：单位将自建房出租给职工五年以上，需重点关注合同效力、产权合法性、租金合规性及税务风险。建议定期审查合同条款，确保符合法律规定，并提前规划特殊情形下的处理方案。如有具体纠纷或条款疑问，可直接向我咨询。